Modélisation de cartes génomiques : une formalisation et un algorithme de construction fondé sur le raisonnement temporel - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 1995

Genomic map modelling : a formalization and an assembly algorithm based on temporal reasoning

Modélisation de cartes génomiques : une formalisation et un algorithme de construction fondé sur le raisonnement temporel

Résumé

Genomic maps are an indispensable tool for molecular biologists; however, its modelling is the more difficult as representation and treatments issues are to be taken into account. Indeed, on the one hand, their representation needs to address multiple descriptions of genome entities, and, on the other hand, the algorithmic complexity of the assembly task is made worse when one wishes to deal with inconsistencies. This work aims first at precising the notion of map thanks to a formalization which specifies the way genomic maps are built and the relations to be expressed between their entities. This formalization is then implemented in a object-based knowledge representation system. Second, an algorithm dealing with the assembly problem is proposed. This algorithm is using temporal reasoning techniques integrating both qualitative and quantitative relations. Its implementation is based on a temporal reasoning software which implies a greater genericity since any improvement can be almost immediately used by the algorithm. To end with, the specifications of a man-machine interface building tool are given; this tool differs substantially from already existing systems because it allows the development of any customized and personalised map interfaces.
La modélisation de cartes génomiques, qui sont un outil indispensable aux biologistes moléculaires, pose de nombreux problémes de représentation et de traitement. Les premiers proviennent de l'existence de plusieurs descriptions des entités du génome, les seconds de la complexité algorithmique de la construction des cartes, ajoutée à la nécessité de pouvoir traiter les incohérences issues des expériences. Ce travail s'attache dans un premier temps à préciser la notion de carte grâce à une formalisation qui spécifie comment sont construites les cartes génomiques et quelles sont les relations entre les entités qui y apparaissent. Celle-ci est ensuite implémentée dans un système de représentation de connaissances par objets. Dans un second temps, un algorithme de construction de cartes à partir de la description des relations entre les entités qui les constituent est proposé. Cet algorithme s'appuie sur des techniques de raisonnement temporel et intègre des informations aussi bien qualitatives que quantitatives. Son implémentation a été réalisée à partir d'un logiciel de raisonnement temporel et valide la généricité de la démarche qui peut profiter de tous les progrès dans ce domaine de façon quasi-immédiate. Les spécifications d'un générateur d'interfaces cartographiques sont également présentées ; à la différence des systèmes existants, ce générateur n'est pas restreint à une seule interface cartographique ad hoc mais constitue une boite à outils permettant de construire soi-même son interface cartographique personnalisée.
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  • HAL Id : tel-00005062 , version 1

Citer

Olivier Schmeltzer. Modélisation de cartes génomiques : une formalisation et un algorithme de construction fondé sur le raisonnement temporel. Interface homme-machine [cs.HC]. Université Joseph-Fourier - Grenoble I, 1995. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00005062⟩
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