Algorithmes pour l'analyse de régions régulatrices dans le génome d'eucaryotes supérieurs - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2006

Algorithmes pour l'analyse de régions régulatrices dans le génome d'eucaryotes supérieurs

Résumé

The work presented in this thesis is oriented towards computational genome analysis. More precisely it focuses on gene expression and cis-regulatory elements. The cis-regulatory elements identification problem can be considered as a computational motif finding problem.

Finding such motifs is a challenging question due to the low specificity of these motifs. To answer this question, new kind of information need to been taken into account. This can be cross species conservation (comparative genomics), over-represented signals such as those shared by co-regulated genes, or even spatial conservation of binding site locations.

We have developed a method that searches for locally overrepresented regulatory motifs in a set of regulated genes. This method takes advantage of spatial conservation in the sequence and supports multiple species.
The method has been implemented in a software named TFM-Explorer. Promising results were obtained in a variety of examples in human, mouse, and rat genomes.
Les travaux présentés dans cette thèse s'inscrivent dans le cadre bio-informatique de l'analyse des génomes. Plus particulièrement, ces travaux concernent l'expression des gènes et les éléments régulateurs, présents dans l'ADN, qui participent à la modulation de cette expression.
Le problème de la recherche de ces éléments régulateurs peut être envisagé sous l'angle informatique de la recherche de motifs approchés particuliers.

La recherche de motifs régulateurs est une question difficile du fait de la faible spécificité des motifs recherchés. Pour pouvoir y répondre, il faut prendre en compte différentes formes d'information. En particulier, il est pertinent de prendre en compte la conservation entre espèces (génomique comparative), la conservation entre séquences génomiques partageant des éléments de régulation (gènes co-régulés) ou encore, dans certains cas, la conservation spatiale des sites de fixation.

Dans ce cadre, nous proposons une méthode permettant de tirer parti, à la fois de la conservation spatiale, et de la conservation entre espèces. Cette approche se compose d'un algorithme de recherche locale et d'évaluateurs statistiques adaptés au problème de la recherche de motifs sur-représentés localement lorsque l'environnement de recherche est hétérogène, c'est-à-dire pour des séquences pouvant provenir d'organismes différents ou de régions différentes du génome. Ces travaux ont été mis en oeuvre dans un logiciel appelé TFM-Explorer, que nous avons évalué avec succès sur des données issues du génome humain, de la souris et du rat.
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Dates et versions

tel-00124471 , version 1 (15-01-2007)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00124471 , version 1

Citer

Matthieu Defrance. Algorithmes pour l'analyse de régions régulatrices dans le génome d'eucaryotes supérieurs. Autre [cs.OH]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00124471⟩
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