map.clust {prevR} | R Documentation |
Affiche sur une carte les clusters enquêtés selon leur milieu de résidence, le nombre de personnes enquêtées ou selon le nombre de personnes présentant la caractéristique étudiée (nombre de cas positifs).
map.clust( clust, boundary, type = "urb", lang = "en", var.urb = "residence", var.n = "n", var.obs.prevalence = "obs.prevalence", var.coords = c("x", "y"), inverse = FALSE, add.legend = TRUE, legend.location = "bottomright", factor.size = 0.2, new.window = TRUE, ...)
clust |
data.frame. Il doit comporter une ligne par cluster. Typiquement le résultat de make.clust.dbf . |
boundary |
data.frame. Doit contenir deux colonnes, x et y. Série de points définissant un polygone correspondant aux limites de la zone étudiée. |
type |
character. Peut prendre les valeurs urb, flower ou count. Voir les détails. |
lang |
character. Permet de choisir la langue de l'interface utilisateur. fr pour le français, en pour l'anglais. |
var.urb |
character. Nom de la colonne de clust utilisée pour représenter le type des clusters si type= 'urb' . Non requise sinon. |
var.n |
character. Nom de la colonne de clust utilisée pour représenter la taille des clusters si type= 'count' . Requise également si type= 'flower' . |
var.obs.prevalence |
character. Nom de la colonne de clust correspondant à la prévalence observée de chaque cluster. Requise uniquement si type= 'flower' . |
var.coords |
character vector. Liste des noms des deux variables de clust correspondant à la longitude et la latitude de chaque cluster. |
inverse |
logical. Utilisé si type= 'urb' . Si TRUE , inverse l'ordre des modalités. Voir détails. |
add.legend |
logical. Indique si une légende doit être affichée. |
legend.location |
Position de la légende. Variable transmise à legend . Voir la section Details de l'aide de cette fonction.Le plus simple consiste à utiliser les termes bottomright, bottom, bottomleft, left, topleft, top, topright, right and center. |
factor.size |
numeric. Utilisé si type= 'count' . Facteur d'agrandissement ou de réduction de la taille des cercles. |
new.window |
logical. Indique si la carte doit être dessinnée dans une nouvelle fenêtre. |
... |
Paramètres supplémentaires passés à la fonction title . Voir l'aide de cette fonction. |
Dessine tout d'abord le polygone défini par boundary
.
Si type = 'urb'
, représente les clusters, selon leur milieu de résidence, par des points verts et rouges. Par défaut, le vert est utilisé pour coder la première modalité, d'un point de vue alphabétique, de la colonne définie par var.urb
. Si inverse = TRUE
, le vert sera utilisé pour la dernière modalité, d'un point de vue alphabétique.
Si type = 'flower'
, la carte générée représentera le nombre d'obervations positives par cluster. Un cluster sans cas positif sera représenté par un point vert, un cluster avec un seul cas positif par un point mauve, un cluster avec plusieurs cas positifs par un point mauve et autant de 'rayons' rouges que de cas positifs. Voir sunflowerplot
pour plus de détails sur ce type de graphiques.
Si type = 'count'
, la carte représente le nombre d'observations de chaque cluster par un cercle proportionnel au nombre d'observatuibs du cluster. La taille des cercles peut être contrôlée par factor.size
. Pour un exemple d'exportation des résultats vers un logiciel de dessin afin d'appliquer une transparence aux cercles, voir le tutoriel de prevR (‘tutoriel.prevR.pdf’).
data(alicante) map.clust(alicante.clust, alicante.bounds, type='count', new.window=FALSE, main='Number of tested persons by cluster', factor.size=0.15) map.clust(alicante.clust, alicante.bounds, type='flower', main='Number of HIV positive persons by cluster') map.clust(alicante.clust, alicante.bounds, type='urb', main='Clusters by type of residence') map.clust(alicante.clust, alicante.bounds, type='urb', var.urb='urban.area', inverse=TRUE, main='Clusters in urban agglomeration')