verif.urb {prevR} | R Documentation |
Calcule, pour chaque agglomération urbaine présente dans le fichier de donnée, la prévalence observée dans l'agglomération considérée et permet de comparer ces données avec celles provenant d'autres sources.
verif.urb( clust, conf.level = 0.9, add = FALSE, lang = "en", var.clust = c("n", "nweight", "obs.prevalence", "urban.area", "city.name"), urban.area.code = "in urban area")
clust |
data.frame. Chaque ligne doit correspondre à un cluster. |
conf.level |
numeric. Niveau de confiance pour les tests statistiques. |
add |
logical. Si TRUE , invite l'utilisateur à ajouter manuellement des données provenant d'une autre source. |
lang |
character. Permet de choisir la langue des messages utilisateur. fr pour le français, en pour l'anglais. |
var.clust |
character vector. Noms des variables de clust correspondant dans l'ordre au nombre d'observations valides, à l'effectif pondéré, à la prévalence observée, à l'appartenance à une agglomération urbaine et au nom de la ville la plus proche de chaque cluster. |
urban.area.code |
character. Valeur du facteur indiquant l'appartenance à une agglomération urbaine. |
Retient pour chaque agglomération urbaine les clusters appartenant à la dite agglomération et calcule une prévalence observée sur ces clusters.
Les intervalles de confiance sont calculés à l'aide de la fonction prop.test
. Les comparaisons de deux proportions sont calculées à l'aide de la fonction fisher.test
. Les effectifs pondérés de chaque cluster sont pris en compte.
data.frame avec les colonnes suivantes :
city |
factor. Nom de l'agglomération. |
city.nb.cluster |
numeric. Nombre de clusters appartenant à l'agglomération. |
city.n |
numeric. Nombre d'observations valides de l'agglomération. |
city.prevalence |
numeric. Prévalence observée dans l'agglomération, en pourcents. |
city.low |
numeric. Valeur basse de l'intervalle de confiance de la prévalence observée. |
city.high |
numeric. Valeur haute de l'intervalle de confiance de la prévalence observée. |
conf.level |
numeric. Niveau de confiance pour les intervalles. |
add.prevalence |
numeric. Prévalence de la source additionnelle saisie, en pourcents. |
add.n |
numeric. Effectif de la source additionnelle. |
add.low |
numeric. Valeur basse de l'intervalle de confiance de la prévalence additionnelle. |
add.high |
numeric. Valeur haute de l'intervalle de confiance de la prévalence additionnelle. |
p.value.comparaison |
numeric. Résultat du test de comparaison des deux proportions. |
Pour des exemples d'utilisation de cette fonction, en particulier avec add = TRUE
, voir le tutoriel de prevR (‘tutoriel.prevR.pdf’).
data(alicante) main.cities <- alicante.cities[alicante.cities$population > 100000, ] alicante.clust <- calcul.dist.cities( alicante.clust, main.cities, type='all', dist=25) verif.urb(alicante.clust) main.cities <- alicante.cities[alicante.cities$population > 250000, ] alicante.clust <- calcul.dist.cities( alicante.clust, main.cities, type='all', dist=25) verif.urb(alicante.clust)