map.clust {prevR}R Documentation

Permet de cartographier les zones d'enquêtes ou clusters.

Description

Affiche sur une carte les clusters enquêtés selon leur milieu de résidence, le nombre de personnes enquêtées ou selon le nombre de personnes présentant la caractéristique étudiée (nombre de cas positifs).

Usage

map.clust(
   clust,
   boundary,
   type = "urb",
   lang = "en",
   var.urb = "residence",
   var.n = "n",
   var.obs.prevalence = "obs.prevalence",
   var.coords = c("x", "y"),
   inverse = FALSE,
   add.legend = TRUE,
   legend.location = "bottomright",
   factor.size = 0.2,
   new.window = TRUE,
   ...)

Arguments

clust data.frame. Il doit comporter une ligne par cluster. Typiquement le résultat de make.clust.dbf.
boundary data.frame. Doit contenir deux colonnes, x et y. Série de points définissant un polygone correspondant aux limites de la zone étudiée.
type character. Peut prendre les valeurs urb, flower ou count. Voir les détails.
lang character. Permet de choisir la langue de l'interface utilisateur. fr pour le français, en pour l'anglais.
var.urb character. Nom de la colonne de clust utilisée pour représenter le type des clusters si type= 'urb'. Non requise sinon.
var.n character. Nom de la colonne de clust utilisée pour représenter la taille des clusters si type= 'count'. Requise également si type= 'flower'.
var.obs.prevalence character. Nom de la colonne de clust correspondant à la prévalence observée de chaque cluster. Requise uniquement si type= 'flower'.
var.coords character vector. Liste des noms des deux variables de clust correspondant à la longitude et la latitude de chaque cluster.
inverse logical. Utilisé si type= 'urb'. Si TRUE, inverse l'ordre des modalités. Voir détails.
add.legend logical. Indique si une légende doit être affichée.
legend.location Position de la légende. Variable transmise à legend. Voir la section Details de l'aide de cette fonction.
Le plus simple consiste à utiliser les termes bottomright, bottom, bottomleft, left, topleft, top, topright, right and center.
factor.size numeric. Utilisé si type= 'count'. Facteur d'agrandissement ou de réduction de la taille des cercles.
new.window logical. Indique si la carte doit être dessinnée dans une nouvelle fenêtre.
... Paramètres supplémentaires passés à la fonction title. Voir l'aide de cette fonction.

Details

Dessine tout d'abord le polygone défini par boundary. Si type = 'urb', représente les clusters, selon leur milieu de résidence, par des points verts et rouges. Par défaut, le vert est utilisé pour coder la première modalité, d'un point de vue alphabétique, de la colonne définie par var.urb. Si inverse = TRUE, le vert sera utilisé pour la dernière modalité, d'un point de vue alphabétique.

Si type = 'flower', la carte générée représentera le nombre d'obervations positives par cluster. Un cluster sans cas positif sera représenté par un point vert, un cluster avec un seul cas positif par un point mauve, un cluster avec plusieurs cas positifs par un point mauve et autant de 'rayons' rouges que de cas positifs. Voir sunflowerplot pour plus de détails sur ce type de graphiques.

Si type = 'count', la carte représente le nombre d'observations de chaque cluster par un cercle proportionnel au nombre d'observatuibs du cluster. La taille des cercles peut être contrôlée par factor.size. Pour un exemple d'exportation des résultats vers un logiciel de dessin afin d'appliquer une transparence aux cercles, voir le tutoriel de prevR (‘tutoriel.prevR.pdf’).

Examples


data(alicante)

map.clust(alicante.clust, alicante.bounds,
        type='count',
        new.window=FALSE,
        main='Number of tested persons by cluster',
        factor.size=0.15)

map.clust(alicante.clust, alicante.bounds,
        type='flower',
        main='Number of HIV positive persons by cluster')

map.clust(alicante.clust, alicante.bounds,
        type='urb',
        main='Clusters by type of residence')

map.clust(alicante.clust, alicante.bounds,
        type='urb',
        var.urb='urban.area',
        inverse=TRUE,
        main='Clusters in urban agglomeration')


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