verif.urb {prevR}R Documentation

Calcule des statistiques sur les agglomérations urbaines.

Description

Calcule, pour chaque agglomération urbaine présente dans le fichier de donnée, la prévalence observée dans l'agglomération considérée et permet de comparer ces données avec celles provenant d'autres sources.

Usage

verif.urb(
   clust,
   conf.level = 0.9,
   add = FALSE,
   lang = "en",
   var.clust = c("n", "nweight", "obs.prevalence",
                                   "urban.area", "city.name"),
   urban.area.code = "in urban area")

Arguments

clust data.frame. Chaque ligne doit correspondre à un cluster.
conf.level numeric. Niveau de confiance pour les tests statistiques.
add logical. Si TRUE, invite l'utilisateur à ajouter manuellement des données provenant d'une autre source.
lang character. Permet de choisir la langue des messages utilisateur. fr pour le français, en pour l'anglais.
var.clust character vector. Noms des variables de clust correspondant dans l'ordre au nombre d'observations valides, à l'effectif pondéré, à la prévalence observée, à l'appartenance à une agglomération urbaine et au nom de la ville la plus proche de chaque cluster.
urban.area.code character. Valeur du facteur indiquant l'appartenance à une agglomération urbaine.

Details

Retient pour chaque agglomération urbaine les clusters appartenant à la dite agglomération et calcule une prévalence observée sur ces clusters.

Les intervalles de confiance sont calculés à l'aide de la fonction prop.test. Les comparaisons de deux proportions sont calculées à l'aide de la fonction fisher.test. Les effectifs pondérés de chaque cluster sont pris en compte.

Value

data.frame avec les colonnes suivantes :

city factor. Nom de l'agglomération.
city.nb.cluster numeric. Nombre de clusters appartenant à l'agglomération.
city.n numeric. Nombre d'observations valides de l'agglomération.
city.prevalence numeric. Prévalence observée dans l'agglomération, en pourcents.
city.low numeric. Valeur basse de l'intervalle de confiance de la prévalence observée.
city.high numeric. Valeur haute de l'intervalle de confiance de la prévalence observée.
conf.level numeric. Niveau de confiance pour les intervalles.
add.prevalence numeric. Prévalence de la source additionnelle saisie, en pourcents.
add.n numeric. Effectif de la source additionnelle.
add.low numeric. Valeur basse de l'intervalle de confiance de la prévalence additionnelle.
add.high numeric. Valeur haute de l'intervalle de confiance de la prévalence additionnelle.
p.value.comparaison numeric. Résultat du test de comparaison des deux proportions.

Note

Pour des exemples d'utilisation de cette fonction, en particulier avec add = TRUE, voir le tutoriel de prevR (‘tutoriel.prevR.pdf’).

Examples

data(alicante)

main.cities <- alicante.cities[alicante.cities$population > 100000, ]
alicante.clust <- calcul.dist.cities(
        alicante.clust,
        main.cities,
        type='all',
        dist=25)
verif.urb(alicante.clust)

main.cities <- alicante.cities[alicante.cities$population > 250000, ]
alicante.clust <- calcul.dist.cities(
        alicante.clust,
        main.cities,
        type='all',
        dist=25)
verif.urb(alicante.clust)

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