In silico studies of carbohydrate-protein interactions - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2010

In silico studies of carbohydrate-protein interactions

Etudes in silico des interactions protéines-carbohydrates

Résumé

Different molecular docking approaches have been compared on calcium-dependent lectin - carbohydrate systems in order to reproduce the experimental data. Using the most appropriate docking method, the binding site of human lectin Langerin has been studied, unraveling the mechanism of recognition of the epitope of the HIV virus. The characteristics of Pseudomonas aeruginosa lectin I have also been studied by molecular docking, molecular dynamics simulations and free energy calculations. A conformational analysis of Nod factors, bacterial signals required for the symbiosis induction, revealed specific conformational states in agreement with the results obtained by NMR. The homology models of the LysM2 domain and the catalytic domain of the kinase LYK3, hypothetical Nod factor receptors expressed on the root cells of Medicago truncatula, have been built and used as support for biological data.
Différentes approches d'amarrage moléculaire sur des systèmes lectines calcium dépendantes – glucides ont été comparées, afin de reproduire les données expérimentales. En utilisant la méthode d'amarrage la plus appropriée, le site de liaison de la lectine humaine Langerine a été étudié, en rationalisant le mécanisme de reconnaissance de l'épitope du virus VIH. Les caractéristiques de la lectine Pseudomonas aeruginosa I ont été également étudiées par des calculs d'amarrage moléculaire, de dynamique moléculaire et d'énergie libre. Une analyse conformationnelle des facteurs Nod, signaux bactériens nécessaires à l'induction de la symbiose, a révélé des états conformationnels spécifiques en accord avec les résultats obtenus par RMN. Les modèles par homologie du domaine LysM2 et du domaine catalytique de la kinase LYK3, récepteurs hypothétiques des facteurs Nod exprimés sur les cellules racinaires de Medicago truncatula, ont été construits et utilisés comme support des données biologiques.

Domaines

Chimie
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Dates et versions

tel-00511855 , version 1 (26-08-2010)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00511855 , version 1

Citer

Alessandra Nurisso. In silico studies of carbohydrate-protein interactions. Chemical Sciences. Université Joseph-Fourier - Grenoble I, 2010. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00511855⟩
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