Identification des signatures génétiques de la sélection chez le chien - Archive ouverte HAL Access content directly
Theses Year : 2011

Identification of genetic signatures of selection in dog

Identification des signatures génétiques de la sélection chez le chien

Amaury Vaysse

Abstract

The canine species is the oldest domesticated species about, 15,000 years ago, and today consists of more than 350 breeds resulting from a drastic artificial selection and inbreeding practices during centuries. My PhD thesis is dedicated to the study of the period dominated by natural selection during the evolution of canids and the recent period of breeds creation by intense artificial selection. We have identified the catalog of genes under positive selection in 10 species (dog, Human, marmoset, macaque, orangutan, chimpanzee, mouse, rat, horse and cow) from 10,730 genes in orthology relationship type 1: 1. The canine species has more genes under positive selection in common with Laurasatheria and rodents than the expected. We then identified the catalog of regions of allelic differentiation between dog breeds using genotype data of 170,000 SNPs in 456 dogs of 30 breeds, in collaboration with the team of Dr. Matthew Webster ( University of Uppsala, Sweden) as part of the European consortium of dog genetics named LUPA. These regions are candidates to be targets of the artificial selection. This project is continuing by the comparison of natural and artificial selection to determine whether there are regions of the genome that are constantly affected by the selection, and to determine whether the canine species may be considered as a reduced, but accelerated simulation of the mammals radiation.
L'espèce canine est la plus ancienne espèce domestiquée, il y a environ 15.000 ans, et se compose aujourd'hui de plus de 350 races issues d'une sélection artificielle drastique et de croisements consanguins pratiqués durant les derniers siècles. Mon travail de thèse a pour objectif l'étude de la période dominée par la sélection naturelle au cours de l'évolution des canidés et la période récente de la création des races par une sélection artificielle intense. Nous avons identifié le catalogue des gènes sous sélection positive dans 10 espèces (chien, Homme, ouistiti, macaque, orang-outan, chimpanzé, souris, rat, cheval et vache) à partir de 10.730 gènes en relation d'orthologie de type 1:1. L'espèce canine présente plus de gènes sous sélection positive en commun avec les Laurasatheria et les rongeurs qu'à l'attendu. Nous avons ensuite identifié le catalogue des régions de différenciation alléliques entre races de chien à partir de données de génotypage de 170.000 SNPs de 456 chiens de 30 races, en collaboration avec l'équipe du Dr Matthew Webster (Université d'Uppsala en Suède) dans le cadre du consortium européen de génétique du chien LUPA. Ces régions sont candidates pour être les cibles de la sélection artificielle. Ce projet se poursuit actuellement afin de comparer les sélections naturelles et artificielles et de déterminer s'il existe des régions du génome qui sont constamment affectés par la sélection ; et de déterminer si l'espèce canine peut-elle être considérée comme une simulation réduite, mais accélérée de la radiation des mammifères.
Fichier principal
Vignette du fichier
VAYSSE_Amaury.pdf (8.9 Mo) Télécharger le fichier

Dates and versions

tel-00676015 , version 1 (02-03-2012)

Identifiers

  • HAL Id : tel-00676015 , version 1

Cite

Amaury Vaysse. Identification des signatures génétiques de la sélection chez le chien. Génétique animale. Université Rennes 1, 2011. Français. ⟨NNT : 2011REN1S135⟩. ⟨tel-00676015⟩
597 View
6905 Download

Share

Gmail Facebook Twitter LinkedIn More