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Hdr Année : 2012

Free-Living Amoebae : ecology and interaction with emerging pathogenic species

Amibes libres de l'environnement : écologie et interactions avec des micro-organismes pathogènes émergents

Vincent Thomas
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 924804

Résumé

The risk associated to the contamination of drinking water networks by Legionella is well described. These bacteria can naturally resist to various stress, they can survive in biofilms for extended periods of time and proliferate in very high numbers by invading Free-Living Amoebae (FLA). FLA themselves can be highly resistant to disinfection treatments and can consequently protect internalized bacteria from the action of treatments. Whereas lot of data has been published concerning the interactions between Legionella and FLA in water networks, there is less data available concerning the interactions between FLA and other pathogenic or potentially pathogenic microbial species. Among emerging pathogenic species, Chlamydia-like bacteria have been associated with pneumonia and recurrent miscarriage. Compared to well described Chlamydia species, these new species present many differences including an increased capacity to survive as free organisms in the environment and an increased resistance to heat. New "giant" viruses associated to FLA have also been described. They present genotypic and phenotypic characteristics that have raised major interest among microbiologists and some of them could be associated to pneumonia. The association between FLA and mycobacteria also raises important questions. Recent studies demonstrate that selected strains of Non Tuberculous Mycobacteria (NTM) that can resist selected disinfection treatments (glutaraldehyde-based treatments) are also more resistant to antibiotic treatments and present increased capacity to survive within FLA. Furthermore, most mycobacterial species can survive within amoebal cysts that are extremely resistant to disinfection treatments. Research studies summarized in this report deal with the ecology of FLA and their resistance to disinfection treatments used for various applications. The role of FLA as place for genetic exchanges between intracellular micro-organisms is also discussed, as well as interactions between FLA and Legionella, FLA and Chlamydia-like species, FLA and new "giant" viruses, and FLA and mycobacteria.
Le risque de contamination des réseaux par les légionelles est aujourd'hui bien connu. Ces bactéries sont naturellement résistantes à un certain nombre de stress, elles peuvent survivre de façon prolongée dans les biofilms et proliférer de façon très importante via une croissance intracellulaire dans les amibes. Les amibes peuvent elles-mêmes présenter une résistance élevée aux traitements de décontamination usuels et offrent donc une protection supplémentaire aux légionelles. Si l'association amibes-légionelles dans les réseaux a été largement étudiée, il n'en est pas de même pour un certain nombre d'autres associations existant entre les amibes et des micro-organismes pathogènes avérés ou pathogènes émergents. Parmi les agents pathogènes émergents associés aux amibes, de nouvelles espèces bactériennes apparentées aux Chlamydia pourraient être responsables de pneumonies et d'avortements à répétition chez l'Homme et l'animal. Ces nouvelles espèces de Chlamydia présentent de nombreuses particularités, dont une survie à l'état libre dans l'environnement beaucoup plus importante que celles des Chlamydia " classiques " et une résistance importante aux températures élevées. De nouveaux virus " géants " associés aux amibes ont aussi été récemment décrits. Ils présentent de nombreuses particularités biologiques par rapport aux virus plus classiques et, bien que les preuves formelles de leur pathogénicité restent à apporter, certains de ces virus pourraient être responsables de pneumonies. Enfin, l'association amibes libres - mycobactéries soulève des questions importantes. Des travaux récents démontrent que des mycobactéries atypiques résistantes à certains traitements de décontamination (glutaraldéhyde notamment) sont aussi plus résistantes à certains traitements antibiotiques et plus à même de survivre dans les amibes. Par ailleurs la plupart des espèces de mycobactéries présentent la capacité de survivre dans les kystes amibiens, eux-mêmes très résistants à la plupart des traitements de décontamination. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire portent sur l'étude de l'écologie des amibes libres de l'environnement ainsi que sur l'étude de leur résistance à différents types de traitements biocides. Le rôle des amibes en tant que lieu d'échange de matériel génétique entre micro-organismes est abordé, ainsi que l'interaction des amibes avec les légionelles, les espèces apparentées aux Chlamydia, les virus d'amibes et les mycobactéries.
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Dates et versions

tel-00694418 , version 1 (04-05-2012)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00694418 , version 1

Citer

Vincent Thomas. Amibes libres de l'environnement : écologie et interactions avec des micro-organismes pathogènes émergents. Microbiologie et Parasitologie. Université Paris Sud - Paris XI, 2012. ⟨tel-00694418⟩
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