Méthodes et outils logiciels pour la conception de sondes oligonucléotidiques pour puces à ADN. Applications aux biopuces transcriptomiques et aux biopuces de type phylogénétique - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2006

Methods and software tools for microarray probe design. Application to transcriptomic and phylogenetic microarray experiments

Méthodes et outils logiciels pour la conception de sondes oligonucléotidiques pour puces à ADN. Applications aux biopuces transcriptomiques et aux biopuces de type phylogénétique

Résumé

We address the problem of the design of oligonucleotide probes for microarrays with solutions on the computer, but also biologically, with the experimental validation of our methods. We present a new approach that combines high specificity of the probes with good sensitivity. In terms of software engineering, we lead a reflection on réutisabilité software components in the field of DNA microarrays, which leads us to propose a "Platform Independent Model" for the design of probes, consistent with the approach to development "Model Driven Architecture "proposed by the Object Management Group. Two software programs were developed: the first implements our new approach, the second allows the determination of specific probes for microorganisms chips targeting the 16S rRNA. The latter has been parallelized and implemented on an architecture like cluster computing.
Nous abordons le problème de la conception de sondes oligonucléotidiques pour puces à ADN en proposant des solutions sur le plan informatique, mais aussi sur le plan biologique, avec la validation expérimentale de nos méthodes. Nous présentons une nouvelle approche qui combine une forte spécificité des sondes avec une bonne sensibilité. Sur le plan du Génie Logiciel, nous menons une réflexion sur la réutisabilité des composants logiciels dans le domaine des puces à ADN, qui nous amène à proposer une " Platform Independant Model" pour la conception de sondes, conformément à la démarche de développement " Model Driven Architecture" proposé par l'Object Management Group. Deux logiciels ont été développés : le premier implémente notre nouvelle approche, le second permet la détermination de sondes spécifiques de micro-organismes pour des puces ciblant l'ARNr 16S. Ce dernier a été parallélisé et déployé sur une architecture de type cluster de calcul.
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Dates et versions

tel-00703396 , version 1 (28-09-2012)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00703396 , version 1

Citer

Sébastien Rimour. Méthodes et outils logiciels pour la conception de sondes oligonucléotidiques pour puces à ADN. Applications aux biopuces transcriptomiques et aux biopuces de type phylogénétique. Biotechnologie. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2006. Français. ⟨NNT : 2006CLF21691⟩. ⟨tel-00703396⟩
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