Énumération de sous-structures fonctionnelle dans des réseaux métaboliques complets : Histoires métaboliques, précurseurs et organisations chimiques - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2012

Enumerating functional substructures of genome-scale metabolic networks : stories, precursors and organisations

Énumération de sous-structures fonctionnelle dans des réseaux métaboliques complets : Histoires métaboliques, précurseurs et organisations chimiques

Résumé

In this thesis, we presented three different methods for enumerating special subnetworks containedin a metabolic network: metabolic stories, minimal precursor sets and chemical organisations. Foreach of the three methods, we gave theoretical results, and for the two first ones, we further providedan illustration on how to apply them in order to study the metabolic behaviour of living organisms.Metabolic stories are defined as maximal directed acyclic graphs whose sets of sources and targets arerestricted to a subset of the nodes. The initial motivation of this definition was to analyse metabolomicsexperimental data, but the method was also explored in a different context. Metabolic precursor setsare minimal sets of nutrients that are able to produce metabolites of interest. We present threedifferent methods for enumerating minimal precursor sets and we illustrate the application in a studyof the metabolic exchanges in a symbiotic system. Chemical organisations are sets of metabolites thatare simultaneously closed and self-maintaining, which captures some stability feature in the
Dans cette thèse, nous avons présenté trois méthodes différentes pour l’énumération de sousréseauxparticuliers d’un réseau métabolique: les histoires métaboliques, les ensembles minimaux deprécurseurs et les organisations chimiques. Pour chacune de ces trois méthodes, nous avons présentédes résultats théoriques, et pour les deux premières, nous avons en outre fourni une illustration surcomment les appliquer afin d’étudier le comportement métabolique des organismes vivants. Les histoiresmétaboliques sont définies comme des graphes acycliques dirigés maximaux dont les ensemblesde sources et de cibles sont limités à un sous-ensemble des noeuds. La motivation initiale de cette définitionétait d’analyser des données expérimentales de métabolomique, mais la méthode a égalementété explorée dans un contexte différent. Les ensembles de précurseurs métaboliques sont des ensemblesminimaux de nutriments qui permettent de produire des métabolites d’intérêt. Nous présentons troisméthodes différentes pour l’énumération de tels ensembles minimaux de précurseurs, et nous illustronsleur application dans une étude des échanges métaboliques dans un système symbiotique. Les organisationschimiques sont des ensembles de métabolites qui à la fois sont fermés et s’auto-maintiennent,ce qui reflète des caractéristiques de stabilité dans le sens où aucun nouveau métabolite ne peut êtreproduit et qu’aucun des métabolites déjà présents dans le système ne peut disparaître.
Fichier principal
Vignette du fichier
TH2012_Vieira-Milreu_Paulo.pdf (5.48 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Version validée par le jury (STAR)
Loading...

Dates et versions

tel-00850704 , version 1 (08-08-2013)
tel-00850704 , version 2 (08-10-2013)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00850704 , version 2

Citer

Paulo Vieira Milreu. Énumération de sous-structures fonctionnelle dans des réseaux métaboliques complets : Histoires métaboliques, précurseurs et organisations chimiques. Sciences agricoles. Université Claude Bernard - Lyon I, 2012. Français. ⟨NNT : 2012LYO10267⟩. ⟨tel-00850704v2⟩
393 Consultations
619 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More