Les relations phylogénétiques au sein d'un système réticulé : cas particulier de Cytisus scoparius L. (Genisteae, Fabaceae) et des espèces, hybrides et cultivars apparentés. - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2011

Philogenetic relationships within a reticulate system : case study of Cytisus scoparius L. ( Genisteae, Fabaceae) and related species, hybrids and cultivars

Les relations phylogénétiques au sein d'un système réticulé : cas particulier de Cytisus scoparius L. (Genisteae, Fabaceae) et des espèces, hybrides et cultivars apparentés.

Résumé

The " scoparius " group is composed of Cytisus scoparius (Genisteae, Fabaceae) and its related taxa. Taxonomic and morphometric studies enabled us to delimitate 10 species divided into three sections: Alburnoides, Spartopsis and Verzinum. Phylogenetic analyses based on chloroplastic markers trnD-T and trnS-G and nuclear markers ITS, LEGCYCIAa, LEGCYCIAb and LEGCYCIAc revealed that sections Alburnoides and Verzinum, both monophyletic if C. striatus is included within section Alburnoides, are sister clades. Section Spartopsis, either paraphyletic or monophyletic depending on the position of C. commutatus (sect. Corothamnus), is more distantly related. Four cultivated hybrids result from crossbreedings between species of the " scoparius " group. The comparison of polymorphic ITS sequences obtained from cloning confirmed both parents at the origin of three of those hybrids and one parent for the fourth hybrid of the group. The use of trnD-T sequences determined the maternal parent at the origin of three of the hybrids. The addition of hybrid taxa in the phylogenetic analyses showed that hybrids between closely related taxa form a clade with their maternal parent and do not modify the relationships between non-hybrid taxa. However, hybrids between distant taxa do not necessarily place with one of their parents and can cause the collapsing of some clades and changes in the topology. More than 150 cultivars are also included in the " scoparius " group, 40 of which were characterised. Molecular data (ISSR, trnD-T sequences and microsatellites) were used to confirm and complete the genealogical information on 28 of those cultivar whose origin is resumed in a 7-generation pedigree on broom cultivars.
Le groupe " scoparius " est composé de Cytisus scoparius (Genisteae, Fabaceae) et des taxons qui lui sont apparentés dans le genre Cytisus. Des études taxinomiques et morphométriques ont permis de délimiter 10 espèces réparties en trois sections Alburnoides, Spartopsis et Verzinum. Une phylogénie moléculaire basée sur des marqueurs chloroplastiques trnD-T, trnS-G et nucléaires ITS, LEGCYCIAa, LEGCYCIAb et LEGCYCIAc a montré que les sections Alburnoides et Verzinum, toutes deux monophylétiques (à condition d'inclure C. striatus dans la section Alburnoides), sont des groupes frères alors que la section Spartopsis, paraphylétique ou monophylétique selon la position de C. commutatus (sect. Corothamnus) est plus éloignée. Quatre hybrides cultivés sont issus de croisements entre espèces du groupe " scoparius ". La comparaison de données ITS issues de clonage a confirmé les deux parents proposés par la littérature pour trois de ces hybrides et un des parents du dernier hybride. Le marqueur chloroplastique trnD-T s'est révélé efficace pour déterminer le sens du croisement à l'origine de trois des hybrides du groupe. L'addition des quatre hybrides dans les analyses phylogénétiques a montré que les hybrides entre taxons proches forment un clade avec leur parent maternel et ne modifient pas les relations entre taxons non hybrides. En revanche, l'ajout d'hybrides entre taxons éloignés peut provoquer des effondrements de clades ainsi que des changements de topologie. Le groupe " scoparius " comprend également plus de 150 cultivars dont 40 ont été caractérisés. L'analyse de données ISSR, trnD-T et SSR a permis de confirmer et de compléter les données généalogiques de 28 de ces cultivars et ainsi de reconstituer un pedigree à 7 générations.
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Citer

Gaëlle Auvray. Les relations phylogénétiques au sein d'un système réticulé : cas particulier de Cytisus scoparius L. (Genisteae, Fabaceae) et des espèces, hybrides et cultivars apparentés.. Biologie végétale. Université d'Angers, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00975350⟩
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