Approche transcriptomique pour identifier des protéines impliquées dans le fonctionnement de la symbiose Riftia pachyptila - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2007

Transcriptomics approach to identify proteins involved in the functioning of Riftia pachyptila

Approche transcriptomique pour identifier des protéines impliquées dans le fonctionnement de la symbiose Riftia pachyptila

Résumé

The giant hydrothermal vent tubeworm Riftia pachyptila (Siboglinid Polychaete Annelid) is probably one of the extensively studied organisms that are symbiotic with sulfide-oxidizing bacteria. Located in a specialized internal organ, the trophosome (TR), these symbionts depend on the host for their supply inO2, CO2 and H2S that are acquired from the environment by the branchial plume (BR) of the worm. We used a global molecular approach by Subtractive Suppression Hybridization (SSH) to try to identify proteins involved in the metabolites exchanges in these tissues. Four subtractive cDNA libraries were constituted, with the body wall (BW) as a reference tissue (BR-BW, BW-BR, TR-BW, BW-TR). More than 700 sequences were obtained with an average of 45 different cDNAs per library, of which half could be identified. The differential expression of the most interesting transcripts was confirmed by quantitative PCR. A new carbonic anhydrase transcript (RpCAbr) specifically expressed in the gills was obtained in addition to the one already known (RpCAtr) that is mostly expressed in the trophosome (checking by fluorescent in situ hybridization). A myohemerythrin transcript, obtained in the TR-BW library, appears clearly specific of the trophosome tissue. Given that it is a particularly rare pigment in Annelids, this transcript was overexpressed in a heterologous system to explore a more functional aspect. In the branchial plume tissue, the Major Vault Protein could constitute an interesting clue for further studies about the transport of metabolites.
Le ver géant des sources hydrothermales Riftia pachyptila (Annélide Siboglinidae) possède des bactéries chimioautotrophes sulfo-oxydantes dans un organe interne spécialisé, le trophosome (TR). Ces symbiontes dépendent de l’hôte pour s’approvisionner en O2, CO2 et H2S, acquis du milieu au niveau du panache branchial (BR) du ver. Une approche moléculaire globale par Hybridation Soustractive Suppressive a été utilisée pour identifier des protéines impliquées dans les échanges de métabolites dans ces tissus. Quatre banques d’ADNc soustractives ont été constituées avec la paroi du corps (BW) comme tissu de référence (BR-BW, BW-BR, TR-BW, BW-TR). Plus de 700 séquences ont été obtenues avec environ 45 ADNc différents par banque, dont la moitié a pu être identifiée. Parmi les nombreux résultats obtenus, un nouveau transcrit d’anhydrase carbonique spécifiquement exprimé dans la branchie s’ajoute à celui déjà connu davantage exprimé dans le trophosome (résultats de PCR quantitative et FISH).
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Dates et versions

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  • HAL Id : tel-01112971 , version 1

Citer

Sophie Sanchez. Approche transcriptomique pour identifier des protéines impliquées dans le fonctionnement de la symbiose Riftia pachyptila. Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]. Paris 6, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-01112971⟩
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