Vers une étude intégrée des interactions des bactéries et des bactériophages entre eux et avec leurs environnements - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Hdr Année : 2019

Towards an integrated study of the interactions between bacteria and bacteriophages between them and their environments

Vers une étude intégrée des interactions des bactéries et des bactériophages entre eux et avec leurs environnements

Résumé

Bacteria have tremendous adaptation abilities, both physiological and genetic, to their different environments and the stress they may be exposed to. One of the most notable recent disturbances in the bacterial world has been and remains the massive use of antibiotics by Humans. Infections caused by antibiotic-resistant bacteria are poised to become within a few years the leading cause of death before cancer. If the different mechanisms involved in the adaption of bacteria to antibiotic pressure have been identified in vitro and that these kind of approaches remain essential, the observations made must be confronted with the reality of more complex situations such as those allowed by the analysis of natural microbial communities maintained in microreactor or microcosm setups. Thus, the co-occurrence of phenomena independently identified allows determining which ones prevail under environmental conditions. For example, the reduction of conjugation frequencies by the superinfection immunity phenomenon, which has been observed and described in vitro, is not preponderant during gene transfer between bacteria from natural communities where carriage and pre-adaptation to the transferred genes become rather a selective advantage. The work now under development especially aims at obtaining a more global view of antibiotic resistance gene transfer in natural communities by taking into account phenomena that have been less studied so far, such as transduction by bacteriophages or the impact of bacteria on their own compartmentalizations and fates in natural environments such as rivers.
Les bactéries présentent de formidables capacités d’adaptation, tant physiologiques que génétiques, à leurs différents environnements et aux stress auxquelles elles peuvent être exposées. L’un des bouleversements récents les plus notables dans le monde bactérien a été et reste l’utilisation massive des antibiotiques par l’Homme. Les infections causées par les bactéries antibiorésistantes sont en passe de devenir d’ici quelques années la première cause mondiale de mortalité devant le cancer. Si les différents mécanismes mis en jeu par les bactéries pour s’adapter à la pression antibiotique ont été identifiés in vitro et que ces approches restent primordiales, les observations réalisées doivent être confrontées à la réalité de situations plus complexes comme celles permises par l’analyse de communautés microbiennes naturelles maintenues en microréacteurs. Ainsi, la cooccurrence de phénomènes identifiés indépendamment permet de déterminer lesquels prévalent en conditions environnementales. A titre d’exemple, la minoration des fréquences de conjugaison par le phénomène d’immunité à la surinfection, qui a été observé et décrit in vitro, n’est pas prépondérant lors de transfert de gènes entre bactéries de communautés naturelles où un portage et une préadaptation aux gènes transférés deviennent plutôt un avantage sélectif. Le travail désormais développé s’attèle notamment à obtenir une vision plus globale de transfert de gènes d’antibiorésistance dans les communautés naturelles grâce à la prise en compte de phénomènes peu étudiés comme la transduction par les phages ou l’impact des bactéries sur leurs propres compartimentations et devenir dans les environnements naturels tels que les rivières.
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Citer

Xavier Bellanger. Vers une étude intégrée des interactions des bactéries et des bactériophages entre eux et avec leurs environnements. Microbiologie et Parasitologie. Université de Lorraine; École doctorale BioSE - Biologie, Santé, Environnement, 2019. ⟨tel-02366106⟩
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