Study of Acinetobacter baumannii reservoir in Lebanon
Etude du réservoir d'Acinetobacter baumannii au Liban
Résumé
A. baumannii est une bactérie principalement
responsable d’infections nosocomiales. Ce travail vise à
étudier l'épidémiologie moléculaire de souches cliniques
d'origine hospitalière et de souches isolées hors de tout
contexte hospitalier au Liban.
Nous avons analysé des souches isolées
d'hôpitaux, 66 % étaient résistantes aux carbapénèmes
et le gène blaOXA-23-like étant prépondérant. Le typage par
multi locus sequence typing (MLST) a révélé la
prédominance du ST2. Dix-sept autres ST(s), dont 6
nouveaux, ont par ailleurs été identifiés. Nous avons
réalisé une analyse épidémiologique plus approfondie
de 42 souches d'origine nosocomiale. Les résultats ont
montré la présence d'un seul clone chez 28 souches
réparties à Tripoli et à Beyrouth. L'épidémiologie extrahospitalière
a été étudiée sur des prélèvements
collectés dans le Nord du Liban. 42 souches ont été
identifiées dans l' environnement et chez des animaux.
Contrairement aux souches cliniques, les souches
étaient sensibles aux antibiotiques. Les résultats du
typage par MLST ont montré la présence de 36 ST(s),
dont 24 nouveaux. Le séquençage du gène blaOXA-51-like
a identifié 34 variants, dont 21 nouveaux.
Ce travail a permis de montrer que le Liban était
un pays à forte endémie d’A. baumannii résistants aux
carbapénèmes. Nous avons ainsi mis en évidence que
les clones circulant dans l'environnement étaient
globalement différents de ceux isolés lors d’infections
chez l’homme. Cette étude montre qu'il n'y a pas de lien
direct entre les souches cliniques et l'environnement
extra-hospitalier mais qu'il existe une niche
potentiellement animale qu'il conviendrait d'explorer par
des études plus larges et détaillées.
A. baumannii is a bacterium responsible for
nosocomial infections. This work aims to study the
molecular epidemiology of hospital-acquired strains
and strains isolated outside the hospital setting in
Lebanon.
We analyzed strains isolated in hospitals, 66%
were resistant to carbapenems and blaOXA-23-like was
the dominant. Typing by multi locus sequence typing
(MLST) revealed the predominance of ST2.
Seventeen other ST (s), including 6 new, were also
identified. We conducted a more thorough
epidemiological analysis of 42 strains of nosocomial
origin. The results showed the presence of a single
clones spread to Tripoli and Beirut. Extra hospital
epidemiology was studied on samples collected in
northern Lebanon. 42 strains have been identified in
the environment and in animals. Unlike clinical
strains, the strains were susceptible to antibiotics.
The results of MLST typing showed the presence of
36 ST(s), including 24 new ones. The sequencing of
blaOXA-51-like gene identified 34 variants, including 21
new ones.
This work has shown that Lebanon is a
country with high endemicity of A. baumannii resistant
to carbapenems. We have thus demonstrated that the
clones circulating in the environments were generally
different from those isolated during infections in
humans. This study shows that there is no direct link
between clinical strains and extra hospital
environment but a potentially animal niche that should
be explored by broader and detailed studies.
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Médecine humaine et pathologieOrigine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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