Etude du réservoir d'Acinetobacter baumannii au Liban - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2014

Study of Acinetobacter baumannii reservoir in Lebanon

Etude du réservoir d'Acinetobacter baumannii au Liban

Résumé

A. baumannii est une bactérie principalement responsable d’infections nosocomiales. Ce travail vise à étudier l'épidémiologie moléculaire de souches cliniques d'origine hospitalière et de souches isolées hors de tout contexte hospitalier au Liban. Nous avons analysé des souches isolées d'hôpitaux, 66 % étaient résistantes aux carbapénèmes et le gène blaOXA-23-like étant prépondérant. Le typage par multi locus sequence typing (MLST) a révélé la prédominance du ST2. Dix-sept autres ST(s), dont 6 nouveaux, ont par ailleurs été identifiés. Nous avons réalisé une analyse épidémiologique plus approfondie de 42 souches d'origine nosocomiale. Les résultats ont montré la présence d'un seul clone chez 28 souches réparties à Tripoli et à Beyrouth. L'épidémiologie extrahospitalière a été étudiée sur des prélèvements collectés dans le Nord du Liban. 42 souches ont été identifiées dans l' environnement et chez des animaux. Contrairement aux souches cliniques, les souches étaient sensibles aux antibiotiques. Les résultats du typage par MLST ont montré la présence de 36 ST(s), dont 24 nouveaux. Le séquençage du gène blaOXA-51-like a identifié 34 variants, dont 21 nouveaux. Ce travail a permis de montrer que le Liban était un pays à forte endémie d’A. baumannii résistants aux carbapénèmes. Nous avons ainsi mis en évidence que les clones circulant dans l'environnement étaient globalement différents de ceux isolés lors d’infections chez l’homme. Cette étude montre qu'il n'y a pas de lien direct entre les souches cliniques et l'environnement extra-hospitalier mais qu'il existe une niche potentiellement animale qu'il conviendrait d'explorer par des études plus larges et détaillées.
A. baumannii is a bacterium responsible for nosocomial infections. This work aims to study the molecular epidemiology of hospital-acquired strains and strains isolated outside the hospital setting in Lebanon. We analyzed strains isolated in hospitals, 66% were resistant to carbapenems and blaOXA-23-like was the dominant. Typing by multi locus sequence typing (MLST) revealed the predominance of ST2. Seventeen other ST (s), including 6 new, were also identified. We conducted a more thorough epidemiological analysis of 42 strains of nosocomial origin. The results showed the presence of a single clones spread to Tripoli and Beirut. Extra hospital epidemiology was studied on samples collected in northern Lebanon. 42 strains have been identified in the environment and in animals. Unlike clinical strains, the strains were susceptible to antibiotics. The results of MLST typing showed the presence of 36 ST(s), including 24 new ones. The sequencing of blaOXA-51-like gene identified 34 variants, including 21 new ones. This work has shown that Lebanon is a country with high endemicity of A. baumannii resistant to carbapenems. We have thus demonstrated that the clones circulating in the environments were generally different from those isolated during infections in humans. This study shows that there is no direct link between clinical strains and extra hospital environment but a potentially animal niche that should be explored by broader and detailed studies.
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Citer

Rayane Rafei. Etude du réservoir d'Acinetobacter baumannii au Liban. Médecine humaine et pathologie. Université d'Angers; Université Libanaise, 2014. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-03182873⟩
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