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Thèse Année : 2020

Epidemiological investigation of Chlamydiaceae in poultry of Mexico and comparison of growth characteristics of Chlamydia gallinacea in different experimental trials

Étude épidémiologique des Chlamydiaceae chez les volailles du Mexique et essais expérimentaux pour comparer des caractéristiques de croissance de Chlamydia gallinacea

Résumé

Chlamydiaceae infections in poultry are mainly due to Chlamydia psittaci and Chlamydia gallinacea. While C. psittaci has long been known to affect birds and to have zoonotic potential, C. gallinacea is a newly described species that has been found to be widespread in chickens and whose pathogenicity and zoonotic potential have not yet been shown. Good husbandry and biosecurity practices, coupled with antimicrobial treatment in punctual cases, are the most effective means to control chlamydial infections among poultry. Few studies had been conducted on Mexican poultry farms assessing on-farm biosecurity practices implementation and no data were available regarding the presence of Chlamydiaceae in poultry of Mexico. The aims of this thesis were to detect the presence of Chlamydiaceae on commercial and backyard farms, to identify risk factors associated with its potential presence on poultry and to characterize the on-farm management and biosecurity practices. Results showed that apparent prevalence of Chlamydiaceae increased inversely to the level of poultry confinement. C. gallinacea was the only chlamydial species found. On backyard poultry, the lack of antimicrobial usage and an impaired health status were found to be associated with the presence of Chlamydiaceae, while on commercial farms laying hens had higher odds of being Chlamydiaceae-infected than chicken broilers. Five biosecurity practices were identified as the most significantly associated with farm clustering. Three of these practices concerned directly the staff or visitors while two were related to farm facilities. Farms within the cluster in which laying hen farms predominated were more prone to not implement some of these five biosecurity practices. Recommendations were provided to improve the on-farm biosecurity. Finally, in vitro studies carried out to optimize the growth protocol for C. gallinacea were not conclusive; however, an enhanced growth of one C. gallinacea positive field specimen was identified. The cause of this enhanced growth needs to be determined; differences at genetic or transcriptional level should be considered, as well as the influence of external parameters. If in vitro observations can be extrapolated to an in vivo phenomenon, it could shed light on the pathogenic potential of this newly described species.
Les espèces Chlamydia psittaci et Chlamydia gallinacea sont les principales espèces de Chlamydiaceae détectées chez les volailles. Contrairement à C. psittaci qui est décrite depuis longtemps et pour laquelle le pouvoir zoonotique est avéré, C. gallinacea est une espèce nouvellement décrite qui est très répandue dans les élevages de poulets et dont la pathogénicité et le pouvoir zoonotique n’ont pas encore été démontrés. De bonnes pratiques d'élevage et de biosécurité, associées à un traitement antimicrobien dans les cas ponctuels, sont les moyens les plus efficaces pour contrôler les infections à chlamydia chez les volailles. Peu d'études avaient été menées dans les exploitations avicoles mexicaines pour évaluer la mise en œuvre des pratiques de biosécurité et aucune donnée n'était disponible concernant la présence de Chlamydiaceae dans ces élevages. Les objectifs de cette thèse visaient à détecter la présence de Chlamydiaceae dans des fermes commerciales et des basses-cours, à identifier les facteurs de risque associés à la présence de Chlamydiaceae chez ces volailles et à caractériser les pratiques de gestion et de biosécurité au sein de ces fermes. Les résultats ont montré que la prévalence apparente des Chlamydiaceae augmentait de manière inversement proportionnelle au niveau de confinement des volailles. C. gallinacea est la seule espèce de Chlamydiaceae détectée. Pour les volailles de basse-cour, l'absence d'utilisation d'antimicrobiens et un statut sanitaire dégradé ont été associés à la présence de Chlamydiaceae, tandis que dans les exploitations commerciales, les poules pondeuses avaient plus de risque d'être infectées par Chlamydiaceae que les poulets de chair. Cinq pratiques de biosécurité ont été identifiées comme étant les plus significativement associées au classement des fermes. Trois de ces pratiques concernaient directement le personnel ou les visiteurs, tandis que deux étaient liées aux équipements et installations de ces fermes. Les fermes du « cluster » (groupe) où prédominaient les élevages de poules pondeuses étaient plus susceptibles de ne pas appliquer certaines de ces cinq pratiques de biosécurité. Des recommandations ont été formulées pour améliorer la biosécurité dans les fermes. Enfin, les études in vitro réalisées pour optimiser le protocole de croissance de C. gallinacea n'ont pas été concluantes, mais des différences individuelles dans la croissance de C. gallinacea, à partir de prélèvements positifs, ont été identifiées. La différence de croissance soulève la nécessité de déterminer si elle est due à des aspects génétiques voire transcriptionnels, ou si elle implique d’autres paramètres externes. Si les observations in vitro peuvent être extrapolées à un phénomène in vivo, ceci pourrait avoir des implications sur la compréhension de la pathogénicité potentielle de cette nouvelle espèce.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03584958 , version 1 (22-02-2022)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03584958 , version 1

Citer

Erika Ornelas-Eusebio. Epidemiological investigation of Chlamydiaceae in poultry of Mexico and comparison of growth characteristics of Chlamydia gallinacea in different experimental trials. Human health and pathology. Université Paris-Est; Universidad Nacional Autónoma (México). Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, 2020. English. ⟨NNT : 2020PESC0077⟩. ⟨tel-03584958⟩

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