Identification de marqueurs bactériens chez Enterobacter associés au sepsis néonatal sévère - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2022

Identification of bacterial markers in Enterobacter associated with severe neonatal sepsis

Identification de marqueurs bactériens chez Enterobacter associés au sepsis néonatal sévère

Résumé

Enterobacter is an emerging gram-negative nosocomial pathogen responsible for outbreaks in the neonatal intensive care unit (NICU). Over the past 50 years, its taxonomy has evolved, making its epidemiology ambiguous. Recently, various molecular biology techniques, including whole-genome sequencing, have provided a better understanding of its taxonomy and epidemiology. The objective of this thesis was to search for microbiological markers associated with the severity of bacteremia in preterm newborns. The first microbiological marker identified was the species. In this context, E. xiangfangensis and E. bugandensis were identified as the most frequent species in the NICU. E. xiangfangensis is more resistant to antibiotics than E. bugandensis. In contrast, E. bugandensis is associated with higher mortality and appears to be more virulent than E. xiangfangensis. In addition, structural analysis of E. bugandensis lipid A revealed the presence of 2-hydroxymyristate, a modification catalyzed by the enzyme LpxO. The presence of LpxO in E. bugandensis was associated with the severity of neonatal bacteremia. The study of the E. bugandensis genome showed the presence of other virulence factors such as fimbriae, adhesins, siderophores and T6SS. These results suggest that the colonization potential, persistence, and virulence of E. bugandensis are different from other species in the same genus, emphasizing the importance of accurate identification to the species level, and in particular of E. bugandensis carrying LpxO. Incubators have been identified as an important reservoir for the transmission of nosocomial infections in the NICU. Our results suggest that Enterobacter outbreaks in the NICU are multispecies and multiclonal. In conclusion, E. bugandensis has been identified as the typical species responsible for severe neonatal sepsis in preterm infants. Therefore, epidemiological surveillance of colonization in newborns in the NICU should be implemented
Enterobacter est un pathogène nosocomial à Gram négatif émergent responsable d'épidémies en réanimation néonatale (RNN). Au cours des 50 dernières années, sa taxonomie a évolué, rendant son épidémiologie ambigüe. Récemment, diverses techniques de biologie moléculaire, notamment le séquençage du génome entier, ont permis de mieux comprendre sa taxonomie et son épidémiologie. L'objectif de cette thèse était de rechercher des marqueurs microbiologiques associés à la gravité des bactériémies chez les nouveau-nés prématurés. Le premier marqueur microbiologique identifié était l'espèce. Dans ce contexte, E. xiangfangensis et E. bugandensis ont été identifiés comme les espèces les plus fréquentes en RNN. E. xiangfangensis est plus résistant aux antibiotiques que E. bugandensis. En revanche, E. bugandensis est associé à une mortalité plus élevée et semble plus virulent que E. xiangfangensis. En outre, l'analyse structurale du lipide A d'E. bugandensis a révélé la présence du 2-hydroxymyristate, une modification catalysée par l'enzyme LpxO. La présence de LpxO chez E. bugandensis était associée à la gravité de la bactériémie néonatale. L'étude du génome d'E. bugandensis a montré la présence d'autres facteurs de virulence tels que des fimbriae, des adhésines, des sidérophores et le T6SS. Ces résultats suggèrent que le potentiel de colonisation, la persistance et la virulence d'E. bugandensis sont différents de ceux des autres espèces du même genre, soulignant l'importance d'une identification précise au niveau de l'espèce, et en particulier d'E. bugandensis portant LpxO. Les incubateurs ont été identifiés comme un réservoir important pour la transmission des infections nosocomiales en RNN. Nos résultats suggèrent que les épidémies d'Enterobacter en RNN sont multi-espèces et multi-clonales. En conclusion, E. bugandensis a été identifié comme l'espèce type responsable de sepsis néonatal sévère chez les prématurés. Par conséquent, une surveillance épidémiologique des taux de colonisation chez les nouveau-nés dans la RNN devrait être mis en œuvre.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03828111 , version 1 (25-10-2022)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03828111 , version 1

Citer

Enrique Hernandez Alonso. Identification de marqueurs bactériens chez Enterobacter associés au sepsis néonatal sévère. Médecine humaine et pathologie. Université Paris-Saclay, 2022. Français. ⟨NNT : 2022UPASQ029⟩. ⟨tel-03828111⟩
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