Caractérisation de la production métabolique de biofilms marins. : Vers une application à l'étude de biofilms complexes in situ - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2022

Characterization of the metabolic production of marine biofilms : Towards an application to the study of complex biofilms in situ

Caractérisation de la production métabolique de biofilms marins. : Vers une application à l'étude de biofilms complexes in situ

Résumé

The phenomenon of biofouling is a natural process that impacts all the surfaces submerged in the marine environment, generating major economic and ecological problems on a global scale. It is induced by the formation of marine biofilms corresponding to the colonization of submerged surfaces by bacteria organizing in communities by surrounding themselves with a matrix of extracellular polymeric substances (EPS). The objective of this work is the use and development of methodologies to study and understand the precursor stage of this phenomenon. The correlation of the data collected from the applied methods (metabolomics and molecular network, proteomics, colorimetric assays, microscopies, spectroscopy) allows a multi-scale approach for the characterization of biofilms. These developments aim, first of all, to characterize the overall biochemical production of in vitro biofilms and then analyse natural biofilms formed in situ. The use of this wide range of techniques has made it possible to answer certain scientific questions such as the impact of nutrients (phosphates), an enzyme (quorum sensing) or hydrodynamics on the nature of formed biofilms.
Le phénomène de biofouling est un processus naturel qui impacte toutes les surfaces immergées en milieu marin engendrant des problèmes économiques et écologiques majeurs à l’échelle planétaire. Il est notamment induit par la formation de biofilms marins correspondant à la colonisation des surfaces immergées par des bactéries s’organisant en communautés en s’entourant d’une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS). L’objectif de ce travail est l’utilisation et le développement de méthodologies permettant l’étude et la compréhension de l’étape précurseur de ce phénomène. La corrélation des données récoltées à partir des méthodes appliquées (métabolomique et réseau moléculaire, protéomique, dosages colorimétriques, microscopies, spectroscopies) permet une approche multi-échelles pour la caractérisation des biofilms. Ces développements visent, en premier lieu, à caractériser la production biochimique globale de biofilms in vitro pour ensuite analyser des biofilms naturels formés in situ. L’utilisation de ce large panel de techniques a permis de répondre à certaines questions scientifiques comme l’impact des nutriments (phosphates), d’une enzyme (quorum sensing) ou de l’hydrodynamisme sur la nature de biofilms formés.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03857793 , version 1 (17-11-2022)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03857793 , version 1

Citer

Nathan Carriot. Caractérisation de la production métabolique de biofilms marins. : Vers une application à l'étude de biofilms complexes in situ. Chimie organique. Université de Toulon, 2022. Français. ⟨NNT : 2022TOUL0001⟩. ⟨tel-03857793⟩
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