Efficacité et évolution de la réponse lymphocytaire T CD8 au cours de l'infection par VIH-1 - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2022

Efficacy and evolution of the HIV-1 specific CD8 T cell response

Efficacité et évolution de la réponse lymphocytaire T CD8 au cours de l'infection par VIH-1

Résumé

OBJECTIVE : CD8 T cells are key players of HIV control. Therapeutic approaches, like the “shock and kill” strategy, aimed at eradicating the HIV-1 reservoir in latently-infected cells using CD8 T cells in treated HIV-1 infected patients are an important research focus. In order to succeed, progress in the knowledge of the state of HIV-1-specific CD8 T cells after long term treatment is key. To this purpose, I studied the evolution of the HIV-1 specific CD8 T cell response in a unique the cohort of HIV-1 infected patients treated with antiretroviral drugs with a 30 years follow-up. I aimed at characterizing CD8 T cell repertoire and fitness as well as viral sequence evolution. METHODS : HIV-1-specific CD8 T cells from 28 patients were characterized by flow cytometry to investigate their activation, differentiation and senescent state throughout the follow-up. Single-cell RNAseq was performed on HIV-1-specific CD8 T cells from four patients from the cohort, in order to characterize the functionality properties as clonotypic composition (i.e. TCRa/b chain sequencing) of these cells over time. Finally, to assess the functional potential of the HIV-specific CD8 T cells upon activation, I evaluated their capacity to proliferate and to express cytolytic molecules after in vitro stimulation with HIV antigens, and the impact of pre-determined adjuvants (e.g. TLR or STING ligands). RESULTS : After years of treated infection, HIV-1-specific CD8 T cells showed less expression of CD38, CD57 and increased expression of CD28, indicating less activated, less senescent and less differentiated cells. Moreover, CD8 T cells from two long term treated patient (i.e. B*57) are showing gene expression linked with markers of early differentiation (IL7R, TCF7, GZMK). This profile is reminiscent of HIV-2 specific CD8 T cells who are known to mount effective response against HIV. These phenotypic/transcriptomic changes are associated with the appearance of new clonotypes with the potential to control HIV replication. Finally, I show that highly functional HIV-1 specific CD8 T cells can still be induced, even after years of treatment, using specific adjuvants. CONCLUSION : My results indicate that the fitness and boosting capacity of HIV-1 specific CD8 T cells after many years of treated infection present a real potential for HIV suppression. These results are important to support the rational for the “shock and kill” strategy an
OBJECTIFS : Les lymphocytes T (LT) CD8 sont cruciaux pour le contrôle de l’infection à VIH-1. Certaines approches thérapeutiques comme la stratégie « shock and kill » visant à éradiquer le réservoir latent utilisent la capacité de LT CD8 à détruire spécifiquement les cellules infectées. Pour réussir, il est primordial de progresser dans notre compréhension de la réponse LT CD8 après des années de traitement. Pour y parvenir nous proposons d’étudier l’évolution de la réponse LT CD8 spécifique du virus dans une cohorte unique d’individus infectés par VIH-1 et traités par antirétroviraux avec un suivi de plus de 25 ans de l’infection. Notre but est de caractériser le répertoire LT CD8 et son potentiel pour contrôler la réplication virale tout en séquençant le virus sur les épitopes reconnus par les LT CD8. METHODES : Les LT CD8 spécifiques du VIH-1 de 11 patients ont été caractérisés par cytométrie en flux pour évaluer leurs niveaux d’activation, de différentiation et de senescence au cours du suivi. La méthode du single cell RNA sequencing (scRNAseq) a été appliquée sur 4 patients de la cohorte pour évaluer leur propriété fonctionnelle et composition clonotypique (via le séquençage des chaînes alpha et beta du TCR). En parallèle nous avons évalué la capacité de ces cellules spécifiques de VIH de patients traités à proliférer et produire des molécules cytolytiques après stimulation in vitro avec des peptides viraux, et l’impact d’adjuvants présélectionnés (ligands de TLR ou STING notamment). RESULTATS : Après des années d’infections, les LT CD8 spécifiques du VIH montrent une expression réduite de CD38 et CD57 ainsi qu’une expression accrue de CD28, indicateur d’un profil moins activé, moins sénescent et moins différentié. De plus, les cellules LT CD8 spécifiques du virus de deux individus traités à long terme montrent un profil d’expression génique associé à des marqueurs de différentiation précoces (Il7r, Tcf7, Gzmk, Sell, Ccr7). Ce profil rappelle les LT CD8 de patients infectés par VIH-2, connus pour être capable de générer des réponses LT CD8 robustes face à l’infection. Ces changements phénotypiques et transcriptomiques sont associés à l’apparition de nouveaux clonotypes avec un potentiel pour le contrôle de la réplication virale. Enfin, nous montrons que des LT CD8 spécifiques du virus hautement fonctionnels peuvent être générés avec des ligands spécifiques, même après des années de traitement. CONCLUSION : Nos résultats indiquent que les LT CD8 spécifiques du virus maintiennent un potentiel pour le contrôle de la réplication virale. Ces résultats sont encourageants pour soutenir le rationnel de la stratégie « shock and kill » et éventuellement à terme, permettre la guérison fonctionnelle de l’infection.
Fichier principal
Vignette du fichier
WHITE_Eoghann_these_2022.pdf (41.07 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04121594 , version 1 (08-06-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04121594 , version 1

Citer

Eoghann White. Efficacité et évolution de la réponse lymphocytaire T CD8 au cours de l'infection par VIH-1. Biologie moléculaire. Sorbonne Université, 2022. Français. ⟨NNT : 2022SORUS471⟩. ⟨tel-04121594⟩
91 Consultations
18 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More