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Hdr Année : 2007

Low-frequency normal modes of proteins

Les modes normaux de basse fréquence des protéines

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Résumé

Low-frequency normal modes often give useful information on the large-amplitude functional motions of proteins, as determined experimentally using, e.g., X-ray cristallography. This result seems to be quite robust, since it has been obtained using atomic-level description of proteins, as well as coarse-grained ones. Building upon this result, several applications have been proposed, in particular in the field of structural refinement. This text is a review of what has been achieved to date, with a particular emphasis on my own contributions. Among the most recent developments, attempts to complexify current elastic network models, by adding nonlinear terms, are evoked.
Les mouvements de basse fréquence des protéines, tels qu'on peut les calculer via l'approximation des petits déplacements (approximation harmonique), ressemblent souvent beaucoup à des mouvements fonctionnels, tels qu'on peut les observer par cristallographie des rayons X. Ce résultat semble très robuste puisqu'il a été obtenu, tout d'abord, en partant d'une description des protéines à l'échelle atomique puis, plus récemment, de descriptions à "gros grains" (des modèles de type réseau élastique). S'appuyant sur ce constat, des applications variées ont été proposées, notamment pour faciliter la résolution de structures ou pour améliorer leur qualité (ajustement dans des enveloppes obtenues par cryomicroscopie électronique, remplacement moléculaire...). Ce mémoire est une revue des résultats obtenus, dans laquelle mes contributions sont plus particulièrement mises en avant. Parmi les développements les plus récents, sont évoquées des tentatives de faire le lien entre modèles à l'échelle atomique et modèles à gros grains, ou bien de complexifier ces derniers, en y incluant des termes anharmoniques.
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Dates et versions

tel-00258781 , version 1 (25-02-2008)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00258781 , version 1

Citer

Yves-Henri Sanejouand. Les modes normaux de basse fréquence des protéines. Biophysique [physics.bio-ph]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2007. ⟨tel-00258781⟩
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