Cette thèse est consacrée à la philosophie des dernières années d'Ernest Renan, de 1880 à 1892, période où la pensée du philosophe oscille constamment entre deux tendances : un relativisme blasé et parfois pessimiste, et la foi dans le déterminisme d'une philosophie de l'histoire forte. En suivant la pensée de Renan à travers trois thèmes capitaux – l'histoire, la religion et la science – l'étude cherchera à saisir la portée de ces hésitations dans le contexte de la crise de l'idéalisme et des certitudes positives qui domine sa réflexion pendant ces années. La première partie sera ainsi consacrée au cadre théorique dans lequel se développe la philosophie de Renan et tentera une interprétation des métamorphoses des différentes figures de la dialectique de son discours, à partir de l'antagonisme fondamental entre spiritualisme et matérialisme. La deuxième partie étudiera l'évolution de la catégorie du religieux et l'analyse de la position d'hégémonie qu'elle arrivera à conquérir parmi les autres principes de la philosophie de Renan. La troisième et dernière partie examinera les transformations du rôle et de la fonction de la science face à la crise du fondement transcendant. L'analyse s'appuiera sur l'étude des derniers ouvrages publiés par Renan (L'Avenir de la science, l'Histoire du peuple d'Israël, l'Examen de conscience philosophique, les Feuilles détachées) qui seront confrontés avec une série de notes manuscrites et de fragments inédits des années 1890-1892, provenant notamment du Fonds Renan de la Bibliothèque nationale de France.