Cette thèse vise à évaluer l’impact du changement climatique sur la qualité des eaux du système karstique dans le Val d’Orléans. En 1er lieu, un bilan de la qualité géochimique de la Loire et de la Source du Bouillon a été réalisé : les isotopes stables et éléments majeurs ont révélé un mélange des eaux de Loire avec des eaux déjà présentes dans le karst ; la formation de calcite et d’hydroxydes de fer joue un rôle majeur sur le comportement des éléments traces dans le karst. Le bilan réalisé ensuite pour les produits phytosanitaires et pharmaceutiques montre que leur occurrence et comportement dans le karst varie suivant la molécule considérée, selon : son pouvoir d’adsorption au sol/sédiment, son taux de dégradation dans les stations d’épuration (pour les pharmaceutiques) et dans les eaux naturelles, les saisons et conditions climatiques, le mélange avec des eaux résiduelles karstiques plus ou moins chargées en produits que la Loire. Ces bilans géochimiques ont permis de fixer la qualité de l’eau souterraine pendant la durée de prélèvement. Le risque d’inversion de courant au niveau de rivières locales pouvant entraîner une dégradation de cette qualité, l’occurrence future de ces inversions de courant a été calculée : en reliant les inversions de courant et les résultats d’une désagrégation d’échelle d’un modèle climatique, il apparaît que le risque d’inversion de courant dans le Val d’Orléans diminuerait dans le futur. La qualité des eaux souterraines resterait alors semblable à celle exposée pendant cette thèse, sans mélanges avec l’eau de surface provenant des inversions, et par conséquent sans dégradation manifeste de la ressource en eau du Val d’Orléans.