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Habilitation À Diriger Des Recherches Year : 2012

Protein-Protein prediction and protein-protein docking by ensemble learning

Prédiction d'Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs

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Abstract

The work presented in this paper corresponds to eight years of research on the problem of interaction between proteins. I approached the problem of predicting protein-protein interactions in terms of the supervised learning. I am interested in learning predictive models for protein-protein interactions. I studied two different types of interactions: - The protein-protein interaction from the protein interaction network point of view; - Physical interaction between proteins by predicting which residues are actually in interaction (protein-protein docking). The paper is structured as follows: after presenting the problem of supervised learning and unsupervised in the first chapter, the second chapter concern the prediction of protein-protein interaction. The results on the protein-protein docking is presented in the third chapter and finally, perspectives are presented in the last chapter.
Le travail présenté dans ce document correspond à huit années de recherche sur la problématique de l'interaction entre protéines. J'ai abordé le problème de la prédiction des interactions entre protéines sous l'angle de l'apprentissage supervisé. Je me suis donc intéressé à l'apprentissage de modèles prédictifs aux interactions entre protéines. J'ai étudié deux types d'interactions différentes : - l'interaction protéine-protéine au sens réseau d'interactions ; - l'interaction physique entre protéines consistant à prédire quels résidus se trouvent effectivement en interaction (amarrage protéine-protéine). Le document est structuré de la manière suivante : après avoir présenté la problématique de l'apprentissage supervisé et non-supervisé dans le premier chapitre, un second chapitre est consacré à la prédiction d'interaction protéine-protéine. Les résultats obtenus sur l'amarrage protéine-protéine est présenté dans le troisième chapitre et enfin, un dernier chapitre est consacré aux perspectives associées à ces travaux.
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Dates and versions

tel-00763947 , version 1 (17-12-2012)

Identifiers

  • HAL Id : tel-00763947 , version 1

Cite

Jérôme Azé. Prédiction d'Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs. Apprentissage [cs.LG]. Université Paris Sud - Paris XI, 2012. ⟨tel-00763947⟩
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