Le décret du 6 février 1911 applique dans les colonies de la Martinique, de la Guadeloupe et de La Réunion la loi de Séparation des Églises et de l'État du 9 décembre 1905. Cette séparation, franche, donne à l'institution religieuse sa liberté, puisqu'elle ne se trouve plus sous la dépendance financière et juridique de l'autorité publique. Si la question des retraites et des inventaires des biens se déroule assez rapidement et sans drame majeur, sauf à Saint-Gilles-les-Hauts, l'attribution des biens mobiliers et immobiliers ayant appartenu aux établissements ecclésiastiques ne sera résolue que sous le régime de Vichy et dans les premières années de la IVème République. Après le temps de la passion liée à l'application de la loi, vient le temps de l'Entente cordiale après la Grande Guerre sous l'épiscopat de Monseigneur de Beaumont. Celle qui devait être l'Absente redevient fortement présente dans la société coloniale puis postcoloniale, dans le cadre d'un respect mutuel. L'Église connaît, durant cette période, un acte audacieux (lutte contre la fraude lors des élections d'avril 1936), un soutien allant jusqu'à la compromission avec le régime de Vichy, et la lutte contre le communisme, surtout après la Seconde Guerre mondiale. Les années soixante et soixante-dix sont le temps de l'Affirmation (combat contre la fraude électorale, lutte pour la régulation naturelle des naissances, critique du projet et du modèle de développement économique et social mais aussi propositions alternatives) et de l'Émancipation qui passe par des déchirures internes, souvent parallèles à la société, et par la mise en échec de toutes les manipulations, qu'elles soient anciennes (la Droite) ou nouvelles (le Parti Communiste Réunionnais). Dans les années soixante-dix, Monseigneur Gilbert Aubry, l'actuel évêque, achève l'émancipation de l'institution commencée dans la décennie précédente. De 1911 à 1981, l'Église catholique à La Réunion passe de la Séparation d'avec l'État à l'Émancipation.