Les politiques de conservation de la nature ont largement évolué ces quarante dernières années. Si les premières aires protégées ont été créées selon un modèle ségrégatif, elles s’inscrivent aujourd’hui dans des modèles intégratifs. De fait, les aires protégées et leurs gestionnaires ne jouent plus les mêmes rôles au sein des socioécosystèmes. Leurs objectifs, leurs pratiques de conservation, les modes de régulation et de prise de décision, l’articulation avec les territoires environnants ont évolué. Nous nous concentrons ici sur les réserves naturelles françaises (RN), l’un des principaux outils réglementaires de protection de la nature en France. Nous caractérisons les interactions entre RN et territoires et les enjeux qui y sont liés, dans la perspective de cette transition ségrégatif – intégratif. Cette étude porte sur deux échelles distinctes : l’échelle nationale et l’ensemble des 277 RN, et l’échelle locale avec 10 études de cas. À l’échelle nationale, l’analyse de l’émergence des thématiques liées au développement durable des territoires dans le réseau des RN met en évidence les enjeux institutionnels, organisationnels, culturels et stratégiques de ce réseau, et permet de discuter la thèse d’une institutionnalisation inachevée. Nous montrons ensuite qu’il existe différents types de RN selon les pratiques mises en œuvre par les gestionnaires. Nous analysons ces investissements variés sur la base de trois types de facteurs : (i) les caractéristiques géographiques des RN ; (ii) le gestionnaire : son système de valeur et son profil socioculturel et (iii) les caractéristiques du territoire environnant. Avec nos 10 cas d’étude, nous caractérisons les socioécosystèmes constitués par les RN et les territoires environnants. Nous analysons dans le détail l’articulation identifiée à l’échelle nationale entre perceptions des acteurs, pratiques, caractéristiques des sites, des territoires et des gestionnaires, à l’intérieur des RN, mais également au-delà de leurs limites spatiales et fonctionnelles. À l’aide des cadres d’analyse des socioécosystèmes complexes, de la solidarité écologique, de la political ecology et de l’analyse institutionnelle, nous identifions les interactions entre RN et territoire, et mettons en lumière les limites des arrangements institutionnels mis en œuvre. Nous concluons sur la notion de trajectoire des sites, et dans une perspective de recherche appliquée, sur les implications de nos résultats pour le réseau des RN.