Etude morphologique et phylogénie des Ciliés Astomes endocommensaux d'Oligochètes terricoles de la région de Yaoundé et ses environs - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2012

Etude morphologique et phylogénie des Ciliés Astomes endocommensaux d'Oligochètes terricoles de la région de Yaoundé et ses environs

Zéphyrin Fokam
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 936301

Résumé

The study deals with the systematic of the microbial endofauna of terricolous Oligochaeta Megascolecidae and Glossoscolecidae of the area of Yaounde, with a particular emphasis on the morphological and genetic analysis of Astomatous ciliates present in their digestive tract. A systematic revision of the family of Radiophryidae de Puytorac 1972 is carried out, with the description of five new species of the subfamily of Metaracoelophryinae de Puytorac, 1972. It makes it possible on the one hand, to confirm the presence of the genera Paracoelophrya and Dicoelophrya in the digestive tract of Oligochaeta earthworms of the genus Alma of Gabon and Cameroun and to confirm the homogeneity of this group on the other hand. The question of the phylogenetic relationship of Hoplitophryida is raised once more. The diversity of organisation of the nuclear apparatus in the genus Almophrya is studied through observations on the morphological variations of the nuclear apparatus after staining of the specimens with Diamidino Phényl Indol (Johnson et al., 1982), Feulgen or the ammoniacal silver carbonate (Fernandez Galiano, 1994). A new species is described: Almophrya nkoldensis n. sp. Futher more, the process of the morphogenesis of bipartition in three species of Astomes was studied; showing various alternatives of this division, besides traditional binary fission (Eudrilophrya complanata), the radiate and distal palintomie in Buchneriella eupolytoreuti n.sp.was specified. In addition, the process of the conjugation was explored in Eudrilophrya simplex n.sp. The analysis of the RNA gene sequences of small sub unit of ribosomal RNA (SSrRNA) in Anoplophrya marylandensis places this species of Astomatous Ciliate in the Class Oligohymenophorea (Affa'a et al., 2004). However, the gene sequence of only one species is insufficient to establish with confidence the phylogenetic relations in a large group. Consequently, we obtained sequences SSrRNA the gene of nine additional species distributed in six genera and the three orders of the subclass Astomatia: Hoplitophryida Cheissin, 1930 em., de Puytorac, 1972 ; Anoplophryida Cépède, 1910 et Haptophryida Cépède, 1923 (1910). A new genus of clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979 is proposed: Paraclausilocola nov. gen., with two new species: P. constricta n. sp and P. elongata n. sp. This new genus is representative of the order Haptophryidae. The phylogenetic tree obtained shows a strong affinity of the sequences of new Astomatous Ciliates studied with that of A. marylandensis. The branch is precise and shows a considerable genetic distance with the other subclasses of Oligohymenophorea. This tree reveals Astomes like a sister clade of Scuticociliates, confirming the hypothesis that Astomes form a monophyletic group belonging to the class of Oligohymenophorea de Puytorac, 1954; Affa‟a et al., 2004). In the subclass of Astomatia, we find two branches quite distinct: one with the genera Anoplophrya, Almophrya and Metaracoelophrya; the second with the remaining genera: Eudrilophrya, Metaradiophrya, Paraclausilocola, and Njinella. Taking into consideration this grouping, ordinal attributions and assignments of the genus to the families in the two current classifications: that of de Puytorac (1994) and Lynn (2008) do not seem supported any more.
L‟étude porte sur la systématique de l‟endofaune microbienne des Oligochètes terricoles Megascolecidae et Glossoscolecidae de la région de Yaoundé et ses environs, avec un accent particulier sur l‟analyse morphologique et génétique des Ciliés Astomes présents dans leur tractus digestif. Une révision taxonomique de la famille des Radiophryidae de Puytorac 1972 est menée, avec la description de cinq espèces nouvelles de la sous-famille des Metaracoelophryinae de Puytorac, 1972. Elle permet de confirmer d‟une part, la présence des genres Paracoelophrya et Dicoelophrya dans le tube digestif des Oligochètes du genre Alma du Cameroun et de confirmer l‟homogénéité de ce groupe d‟autre part. La question de la parenté phylogénétique des Hoplitophryida est exposée. La diversité d‟organisation de l‟appareil nucléaire dans le genre Almophrya a été étudiée à travers des observations sur ses variations morphologiques après coloration des spécimens au Diamidino Phényl Indol (Johnson et al., 1982), au Feulgen ou au carbonate d‟argent ammoniacal (Fernandez Galiano, 1994). Une nouvelle espèce d‟Almophrya à vacuoles axiales est décrite, Almophrya nkoldaensis n. sp., imposant une révision des clés d‟identification des espèces au sein de ce genre. Bien plus, le processus de morphogenèse de bipartition chez trois espèces d‟Astomes a été étudié, montrant diverses variantes de cette division : à côté de la fission binaire classique chez Eudrilophrya complanata, la palintomie radiaire et distale chez Buchneriella eupolytoreuti n. sp. a été précisée. De plus, le processus de la conjugaison a été exploré chez Eudrilophrya simplex n.sp. L‟analyse des séquences de gènes RNA de la petite sous unité ribosomale (SSrRNA) chez Anoplophrya marylandensis Conklin, 1930 montre l‟appartenance de cette espèce d‟Astome à la Classe des Oligohymenophora (Affa‟a et al., 2004). Cependant, la séquence de gènes d‟une seule espèce est insuffisante pour établir avec certitude, les relations phylétiques dans un grand groupe. Par conséquent, nous avons obtenu les séquences de gènes SSrRNA de neuf espèces additionnelles distribuées dans six genres appartenant aux trois ordres de la sous-classe des Astomatia : Hoplitophryida Cheissin, 1930 em., de Puytorac, 1972 ; Anoplophryida Cépède, 1910 et Haptophryida Cépède, 1923. Dans le cadre de l‟analyse moléculaire, un nouveau genre de Clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979 est proposé : Paraclausilocola nov. gen., avec deux espèces nouvelles : P. elongata n. sp. et P. constricta n. sp. Ce nouveau genre est représentatif de l‟ordre des Haptophryida. Le cladogramme obtenu montre une forte affinité des séquences des nouveaux Astomes étudiés avec celle d‟A. marylandensis Conklin, 1930. La branche de l‟arbre contenant les Astomes est précise et montre une distance génétique considérable avec les autres sous-classes des Oligohymenophorea. Cet arbre établit les Astomes comme un clade frère des Scuticociliés, confirmant l‟hypothèse selon laquelle les Astomes forment une sous-classe monophylétique appartenant à la classe des Oligohymenophora (de Puytorac, 1954 ; Affa‟a et al., 2004). Dans la sous-classe des Astomatia, nous observons deux branches bien distinctes : l‟une avec les genres Anoplophrya, Almophrya et Metaracoelophrya, la seconde avec les genres restants : Eudrilophrya, Metaradiophrya, Paraclausilocola et Njinella. Au regard de ce regroupement, les attributions ordinales et les assignations des genres aux familles dans les deux classifications actuelles, celle de de Puytorac (1994) et de Lynn (2008), ne semblent plus respectées.
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Dates et versions

tel-00918304 , version 1 (13-12-2013)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00918304 , version 1

Citer

Zéphyrin Fokam. Etude morphologique et phylogénie des Ciliés Astomes endocommensaux d'Oligochètes terricoles de la région de Yaoundé et ses environs. Sciences du Vivant [q-bio]. Université de Yaoundé I, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00918304⟩

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