Cette thèse présente l'étude des phénomènes transitoires lors de l'interaction d'un atome à deux niveaux avec des impulsions quantifiées.Dans une première partie nous rappelons les bases théoriques sur lesquelles s'appuie ce manuscrit.Dans un traitement semi-classique du problème, où le champ n'est pas traité quantiquement, nous montrons qu'il est possible de réaliser des transitions non-adiabatiques à l'aide d'impulsions lumineuses non-résonantes en régime de couplage fort.Nous introduisons ensuite le modèle de Jaynes-Cummings qui permet de traiter l'ensemble du système quantiquement, pour un champ mono-mode.Dans une seconde partie, nous étudions la situation d'un atome à deux niveaux traversant un micro-maser mono-mode. Dans ce cas, ce n'est pas le champs qui est transitoire mais le terme de couplage avec l'atome.La modulation du profil du champ contenu dans la cavité permet de réaliser des transitions non-adiabatiques.Le système se propage alors, à l'intérieur de la cavité, dans une superposition d'états adiabatiques.L'état final en sortie de la cavité peut être compris à l'aide d'un schéma d'interférence de type Ramsay.Lorsque l'énergie incidente de l'atome est du même ordre du grandeur que l'énergie d'interaction, le déplacement du centre de masse doit être quantifié afin de prendre correctement en compte les couplages opto-mécaniques.Nous développons pour cela une approche temporelle, en définissant plusieurs temps, associés aux différents états adiabatiques. Nous étudions dans les parties suivantes les configurations où un ou deux atomes sont confinés dans un guide d'onde à une dimension.Cette configuration permet d'obtenir un régime de couplage fort, même pour un paquet d'onde à un seul photon.Dans le cas où il n'y a qu'un seul atome nous démontrons un théorème contraignant l'aire de l'impulsion transmise.En effet, pour un régime de couplage arbitraire, l'aire de l'impulsion transmise est systématiquement nulle.La contrepartie dans le domaine spectral est que la fréquence centrale de l'impulsion, résonante avec la transition atomique, est totalement réfléchie.Dans le cas où deux atomes sont présents dans le guide d'onde, nous explorons les processus d'échanges de photons entre ces atomes.Afin de traiter correctement l'influence des photons virtuels, nous montrons que l'approximation de l'onde tournante ne doit pas être faite.La dynamique des champs rayonnés est alors comprise en la reliant aux états retardés de Dicke.L'échange de photons virtuels conduit à une modification des niveaux de ces états et à une modification significative des spectres rayonnés.L'influence de ces photons virtuels peut être modulée, et même supprimée, en ajustant la distance inter-atomique.Nous montrons que le théorème contraignant l'aire de l'impulsion reste valable dans cette situation.Finalement nous traitons dans une dernière partie de l'interaction d'un atome à deux niveaux contenus dans un guide d'onde avec des champs non-classiques arbitraires.Pour cela, nous développons une nouvelle méthode en quantifiant le flux électromagnétique.Cette méthode à la particularité de définir de nouveaux états adiabatiques globaux, similaires à ceux utilisés dans les théories semi-classiques.Cette caractéristique permet de retrouver les résultats semi-classiques dans le cas où le champ est composé d'états cohérents à grand nombre de photons.Dans le cas général, la nouvelle structure des états adiabatiques est organisée en bandes d'états.Chaque bande du modèle quantique correspond à un état unique dans le modèle semi-classique.Nous faisons alors la distinction entre couplage intra- et inter-bandes.