L’apport majeur de la thèse est de montrer que la place grandissante de la biodiversité dans les politiques d’aménagement du territoire tient beaucoup au rôle joué par les instruments d’évaluation des impacts, qu’on regroupe sous le terme d’évaluation environnementale. En considérant ces instruments (études d’impact, mécanismes de compensation, processus participatifs associés) comme des « coproductions », c’est-à-dire des instruments mélangeant des éléments de science et de décisions politiques, nous avons montré qu’ils avaient des effets propres qui ont largement influencé les politiques d’aménagement et la manière dont les acteurs de l’aménagement se représentent la biodiversité.L’étude des instruments de l’évaluation environnementale, selon une démarche socio-historique d’une part et au travers de l’étude d’une série de grands projets ferroviaires d’autre part, nous a permis de montrer l’existence de plusieurs « régimes » caractéristiques de l’évaluation environnementale, qui mobilisent différents outils et différentes représentations de la biodiversité, et que nous avons identifié comme « pionnier », « institutionnalisé » et « utilitariste ».L’étude de la biodiversité dans la société peut être appréhendée non seulement au travers des conventions, lois, et conflits d’acteurs qu’elle génère mais aussi par les instruments concrets mis en place pour la prendre en compte, ces instruments étant à la fois des révélateurs des représentations de la biodiversité à un moment donné et des vecteurs de changement de ces représentations.