L’objectif principal de cette thèse a été d’établir une histoire précise des interactions sociétés-environnement durant le dernier millénaire dans deux zones de moyenne montagne, territoires particulièrement sensibles aux aléas naturels ainsi qu’aux évènements politiques, économiques et sociaux à travers un jeu de données multiples issues de différentes disciplines. L’étude de deux séquences sédimentaires lacustres de sites jurassien et alpin, grâce à l’outil palynologique - grains de pollen, spores et microfossiles non-polliniques -, particulièrement développé ici avec la haute-résolution, croisé avec l’étude des données historiques et archivistiques nous a permis, en plus de fournir un corpus complémentaire, de tester une approche comparative (données polliniques vs données cadastrales). Au lac de Remoray (Doubs, massif jurassien, 850 m d’altitude), l’étude a précisé le schéma du processus d’occupation de cette partie de la haute vallée du Doubs. Les données du haut Moyen Âge illustrent une fois de plus que l’idée qu’un désert forestier précédant l’arrivée des moines défricheurs est à nuancer. L’installation des communautés religieuses durant les XIème-XIIIème siècles, et l’influence des pouvoirs seigneuriaux sur cette zone stratégique, semblent toutefois l’étape clef dans la mise en place d’un peuplement durable. Les activités économiques se diversifient et prennent leur essor durant les siècles suivants bien que certaines périodes soient marquées de crises socio-politiques et traversées par les effets, plus ou moins ressentis, du Petit Âge Glaciaire. Il faudra attendre la transition XIXème-XXème siècle pour que les paysages sylvo-pastoraux que nous connaissons actuellement se mettent en place. Situé un peu plus au sud (Savoie, massif de la Chartreuse), notre second site d’étude trouve son origine dans ce qui donne à la montagne une autre identité : les risques naturels. Le site est le témoignage d’une zone dévastée en 1248 de notre ère par un immense glissement de terrain suite à la chute d’une partie du Mont Granier (1933 m d’altitude). Cet évènement, privant une partie de la vallée de cinq paroisses et d’un millier d’habitants, a engendré rapidement un nouveau territoire, aussi bien topographique, végétal que socio-économique. L’observation particulière des sédiments du lac Saint-André formé post-éboulement a offert l’occasion de suivre pas à pas cette reconquête végétale et humaine, appuyé par les approches géologiques, géographiques, archéologiques et historiques qui animent la recherche de façon récurrente. Les résultats obtenus témoignent d’une période de recolonisation végétale suivie d’une reconquête agro-pastorale relativement rapide, avec comme particularité la mise en place d’un territoire viticole. L’enregistrement sédimentaire particulier de ce lac a permis de suivre, en plus des indices d’une agriculture vivrière variée jusqu’au début du XXème siècle, le témoignage pollinique particulier de la vigne qui deviendra petit à petit une monoculture.