L’acarien Varroa destructor est l’un des principaux responsables de l’effondrement des colonies d’abeilles domestique Apis mellifera. L’arsenal thérapeutique disponible pour lutter contre ce parasite ubiquiste apparait insuffisant à ce jour. Dans le cadre de cette thèse, la démarche de drug design, généralement utilisée en santé humaine, a été appliquée pour le développement de nouveaux médicaments vétérinaire à usage varroacide. Les travaux de cette thèse se sont focalisés sur deux cibles du système nerveux : l’acétylcholinestérase et les récepteurs à l’octopamine. Ces deux cibles ont déjà montré leur intérêt varroacide, notamment au travers des médicaments contenant du coumaphos ou de l’amitraze. Concernant l’acétylcholinestérase, un criblage fait avec le modèle 3D de l’enzyme, construit par homologie de séquences, a permis d’identifier deux composés de la chimiothèque du CERMN. Nous avons également exploré le potentiel varroacide d’acaricides de la famille des carbamates, démontrant l’intérêt du pirimicarbe comme varroacide. Concernant l’octopamine, l’étude de quatre dérivés de l’amitraze a montré l’intérêt de l’un d’entre eux. Un criblage par similarité de structure avec ce dérivé a mis en exergue une molécule issue de la chimiothèque du CERMN. Toutes les molécules pointées par ces travaux de thèse montrent de bons résultats lors de tests in vitro ou in vivo. Toutefois, afin de minimiser le risque pour l’abeille et maximiser l’efficacité anti-varroa, ces leads doivent être optimisés avant d’être ajouté à l’arsenal des médicaments varroacides.