<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<TEI xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:hal="http://hal.archives-ouvertes.fr/" xmlns:gml="http://www.opengis.net/gml/3.3/" xmlns:gmlce="http://www.opengis.net/gml/3.3/ce" version="1.1" xsi:schemaLocation="http://www.tei-c.org/ns/1.0 http://api.archives-ouvertes.fr/documents/aofr-sword.xsd">
  <teiHeader>
    <fileDesc>
      <titleStmt>
        <title>HAL TEI export of tel-01758037</title>
      </titleStmt>
      <publicationStmt>
        <distributor>CCSD</distributor>
        <availability status="restricted">
          <licence target="https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/">CC0 1.0 - Universal</licence>
        </availability>
        <date when="2026-05-26T11:14:46+02:00"/>
      </publicationStmt>
      <sourceDesc>
        <p part="N">HAL API Platform</p>
      </sourceDesc>
    </fileDesc>
  </teiHeader>
  <text>
    <body>
      <listBibl>
        <biblFull>
          <titleStmt>
            <title xml:lang="en">Modeling the linkage disequilibrium in population genomics with optimization methods</title>
            <title xml:lang="fr">Modélisation du déséquilibre de liaison en génomique des populations par méthodes d'optimisation</title>
            <author role="aut">
              <persName>
                <forename type="first">Thomas</forename>
                <surname>Dias Alves</surname>
              </persName>
              <idno type="halauthorid">1342055-0</idno>
              <affiliation ref="#struct-1042061"/>
            </author>
            <editor role="depositor">
              <persName>
                <forename>ABES</forename>
                <surname>STAR</surname>
              </persName>
              <email type="md5">f5aa7f563b02bb6adbba7496989af39a</email>
              <email type="domain">abes.fr</email>
            </editor>
          </titleStmt>
          <editionStmt>
            <edition n="v1" type="current">
              <date type="whenSubmitted">2018-04-04 11:10:14</date>
              <date type="whenModified">2026-04-02 19:35:28</date>
              <date type="whenReleased">2018-04-04 11:10:15</date>
              <date type="whenProduced">2017-12-18</date>
              <date type="whenEndEmbargoed">2018-04-04</date>
              <ref type="file" target="https://theses.hal.science/tel-01758037v1/document">
                <date notBefore="2018-04-04"/>
              </ref>
              <ref type="file" subtype="author" n="1" target="https://theses.hal.science/tel-01758037v1/file/DIAS-ALVES_2017_diffusion.pdf" id="file-1758037-1791291">
                <date notBefore="2018-04-04"/>
              </ref>
            </edition>
            <respStmt>
              <resp>contributor</resp>
              <name key="131274">
                <persName>
                  <forename>ABES</forename>
                  <surname>STAR</surname>
                </persName>
                <email type="md5">f5aa7f563b02bb6adbba7496989af39a</email>
                <email type="domain">abes.fr</email>
              </name>
            </respStmt>
          </editionStmt>
          <publicationStmt>
            <distributor>CCSD</distributor>
            <idno type="halId">tel-01758037</idno>
            <idno type="halUri">https://theses.hal.science/tel-01758037</idno>
            <idno type="halBibtex">diasalves:tel-01758037</idno>
            <idno type="halRefHtml">Statistiques [math.ST]. Université Grenoble Alpes, 2017. Français. &lt;a target="_blank" href="https://www.theses.fr/2017GREAS052"&gt;&amp;#x27E8;NNT : 2017GREAS052&amp;#x27E9;&lt;/a&gt;</idno>
            <idno type="halRef">Statistiques [math.ST]. Université Grenoble Alpes, 2017. Français. &amp;#x27E8;NNT : 2017GREAS052&amp;#x27E9;</idno>
            <availability status="restricted">
              <licence target="https://about.hal.science/hal-authorisation-v1/">HAL Authorization<ref corresp="#file-1758037-1791291"/></licence>
            </availability>
          </publicationStmt>
          <seriesStmt>
            <idno type="stamp" n="UGA">HAL Grenoble Alpes</idno>
            <idno type="stamp" n="IMAG">IMAG</idno>
            <idno type="stamp" n="CNRS">CNRS - Centre national de la recherche scientifique</idno>
            <idno type="stamp" n="INPG">Institut polytechnique de Grenoble</idno>
            <idno type="stamp" n="STAR">STAR - Dépôt national des thèses électroniques</idno>
            <idno type="stamp" n="LJK">Laboratoire Jean Kuntzmann</idno>
            <idno type="stamp" n="LJK_GI" corresp="LJK">Département Géométrie et Images</idno>
            <idno type="stamp" n="TIMC-IMAG">TIMC</idno>
            <idno type="stamp" n="TIMC-IMAG-BCM" corresp="TIMC-IMAG">BCM : Biologie Computationnelle et Mathématique</idno>
            <idno type="stamp" n="LJK-GI-THOTH" corresp="LJK_GI">Apprentissage de modèles visuels à partir de données massives</idno>
            <idno type="stamp" n="VETAGRO-SUP">VETAGRO-SUP</idno>
            <idno type="stamp" n="UDL">UDL</idno>
            <idno type="stamp" n="UNIV-LYON">Université de Lyon</idno>
            <idno type="stamp" n="UGA-COMUE">Université Grenoble Alpes [2016-2019]</idno>
            <idno type="stamp" n="UGA-EPE">Université Grenoble Alpes [2020-*]</idno>
            <idno type="stamp" n="UGA-SPAO-TEST">Thèses de l'Université Grenoble Alpes</idno>
            <idno type="stamp" n="TEST-UGA">TEST-UGA</idno>
          </seriesStmt>
          <notesStmt/>
          <sourceDesc>
            <biblStruct>
              <analytic>
                <title xml:lang="en">Modeling the linkage disequilibrium in population genomics with optimization methods</title>
                <title xml:lang="fr">Modélisation du déséquilibre de liaison en génomique des populations par méthodes d'optimisation</title>
                <author role="aut">
                  <persName>
                    <forename type="first">Thomas</forename>
                    <surname>Dias Alves</surname>
                  </persName>
                  <idno type="halauthorid">1342055-0</idno>
                  <affiliation ref="#struct-1042061"/>
                </author>
              </analytic>
              <monogr>
                <idno type="nnt">2017GREAS052</idno>
                <imprint>
                  <date type="dateDefended">2017-12-18</date>
                </imprint>
                <authority type="institution">Université Grenoble Alpes</authority>
                <authority type="school">École doctorale ingénierie pour la santé, la cognition, l'environnement (Grenoble, Isère, France ; 1995-....)</authority>
                <authority type="supervisor">Michaël Blum</authority>
                <authority type="supervisor">Julien Mairal</authority>
                <authority type="jury">Emmanuelle Génin [Président]</authority>
                <authority type="jury">Julien Chiquet [Rapporteur]</authority>
                <authority type="jury">Etienne Patin</authority>
                <authority type="jury">Franck Picard</authority>
                <authority type="jury">Bertrand Servin</authority>
              </monogr>
            </biblStruct>
          </sourceDesc>
          <profileDesc>
            <langUsage>
              <language ident="fr">French</language>
            </langUsage>
            <textClass>
              <keywords scheme="author">
                <term xml:lang="en">Haplotype</term>
                <term xml:lang="en">Linkage disequillibrium</term>
                <term xml:lang="en">Optimization</term>
                <term xml:lang="fr">Haplotype</term>
                <term xml:lang="fr">Déséquilibre de liaison</term>
                <term xml:lang="fr">Optimisation</term>
              </keywords>
              <classCode scheme="halDomain" n="math.math-st">Mathematics [math]/Statistics [math.ST]</classCode>
              <classCode scheme="halDomain" n="sdv.gen.gpo">Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE]</classCode>
              <classCode scheme="halTypology" n="THESE">Theses</classCode>
              <classCode scheme="halOldTypology" n="THESE">Theses</classCode>
              <classCode scheme="halTreeTypology" n="THESE">Theses</classCode>
            </textClass>
            <abstract xml:lang="en">
              <p>We present a new formalism and new methods to model linkage disequilibrium and to account for haplotype structure of population genomics data. Modeling relies on an optimization problem with constraints that is solved using dynamic programming. The algorithmic cost of proposed methods is linear, which is a desirable property to process large datasets.First, we applied our framework to study admixed populations and perform local ancestry inference. Our method is applied to simulated genotypes of admixed human populations and to real genotypes from admixed Populus species.Second, we developed our optimization framework to perform haploptype phasing and imputation based on a population of genotypes. All optimization methods have been developed in a Python package called Loter.</p>
            </abstract>
            <abstract xml:lang="fr">
              <p>Nous présentons un nouveau formalisme et des nouvelles méthodes pour modéliser le déséquilibre de liaison et tenir compte de la structure en haplotypes pour les données issues de la génomique des populations. La modélisation repose sur un problème d'optimisation avec contraintes qui est résolue avec un algorithme de programmation dynamique. Les méthodes établies ont toutes l'avantage d'avoir un coût algorithmique linéaire et donc de pouvoir traiter de grands jeux de données.Dans un premier temps, nous avons appliqué notre approche à l'étude des populations métisses et plus particulièrement au problème d'inférence des coefficients de métissage locaux.Notre méthode a été appliquée à des génotypes simulés de métissage humain ainsi qu'à des vrais génotypes obtenus dans des populations métisses de peupliers.Dans un second temps, nous avons développé notre formalisme d'optimisation pour traiter de l'inférence des haplotypes à partir des génotypes d'une population.L'ensemble de ces méthodes d'optimisation a été développé dans un module Python qui s'appelle Loter.</p>
            </abstract>
          </profileDesc>
        </biblFull>
      </listBibl>
    </body>
    <back>
      <listOrg type="structures">
        <org type="laboratory" xml:id="struct-1042061" status="OLD">
          <idno type="IdRef">14728936X</idno>
          <idno type="ISNI">0000 0004 4687 1979</idno>
          <idno type="RNSR">199511969L</idno>
          <idno type="ROR">https://ror.org/03985kf35</idno>
          <orgName>Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525</orgName>
          <orgName type="acronym">TIMC-IMAG</orgName>
          <date type="start">2016-01-01</date>
          <date type="end">2019-12-31</date>
          <desc>
            <address>
              <addrLine>Domaine de la Merci, 38706 La Tronche, France</addrLine>
              <country key="FR"/>
            </address>
            <ref type="url">https://www-timc.imag.fr</ref>
          </desc>
          <listRelation>
            <relation active="#struct-89889" type="direct"/>
            <relation active="#struct-301767" type="direct"/>
            <relation name="UMR5525" active="#struct-441569" type="direct"/>
            <relation active="#struct-445543" type="direct"/>
          </listRelation>
        </org>
        <org type="institution" xml:id="struct-89889" status="OLD">
          <idno type="IdRef">026388804</idno>
          <idno type="ROR">https://ror.org/05sbt2524</idno>
          <orgName>Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology</orgName>
          <orgName type="acronym">Grenoble INP</orgName>
          <date type="start">2007-01-01</date>
          <date type="end">2019-12-31</date>
          <desc>
            <address>
              <addrLine>46 avenue Félix Viallet 38031 Grenoble Cedex 1</addrLine>
              <country key="FR"/>
            </address>
            <ref type="url">http://www.grenoble-inp.fr/</ref>
          </desc>
        </org>
        <org type="institution" xml:id="struct-301767" status="VALID">
          <idno type="ROR">https://ror.org/01c7wz417</idno>
          <orgName>VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement</orgName>
          <orgName type="acronym">VAS</orgName>
          <date type="start">2010-01-01</date>
          <desc>
            <address>
              <addrLine>Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique)</addrLine>
              <country key="FR"/>
            </address>
            <ref type="url">http://www.vetagro-sup.fr/</ref>
          </desc>
        </org>
        <org type="regroupinstitution" xml:id="struct-441569" status="VALID">
          <idno type="IdRef">02636817X</idno>
          <idno type="ISNI">0000000122597504</idno>
          <idno type="ROR">https://ror.org/02feahw73</idno>
          <orgName>Centre National de la Recherche Scientifique</orgName>
          <orgName type="acronym">CNRS</orgName>
          <date type="start">1939-10-19</date>
          <desc>
            <address>
              <country key="FR"/>
            </address>
            <ref type="url">https://www.cnrs.fr/</ref>
          </desc>
        </org>
        <org type="institution" xml:id="struct-445543" status="OLD">
          <idno type="IdRef">188399275</idno>
          <idno type="ROR">https://ror.org/02rx3b187</idno>
          <orgName>Université Grenoble Alpes [2016-2019]</orgName>
          <orgName type="acronym">UGA [2016-2019]</orgName>
          <date type="start">2016-01-01</date>
          <date type="end">2019-12-31</date>
          <desc>
            <address>
              <addrLine>38058 Grenoble cedex</addrLine>
              <country key="FR"/>
            </address>
          </desc>
        </org>
      </listOrg>
    </back>
  </text>
</TEI>