Partant d’un manque de consensus académique quant à l’efficacité des différents dispositifs de soutien à l’innovation, cette thèse s’intéresse aux politiques de financement de la R&D dans un contexte où les entreprises peuvent coordonner leurs effortsde R&D et se rapprocher d’un secteur public de la recherche. Dans une première partie, nous présentons des éléments de la littérature économique sur les mesures incitatives de promotion de la R&D. Nous choisissons par ailleurs de contextualiser notre approche autour de la politique des pôles de compétitivité menée en France. Dans une seconde partie, nous proposons une modélisation théorique originale, à même d’étudier conjointement trois instruments publics de soutien à la R&D : encouragement aux stratégies coopératives de R&D, soutien financier à la R&D privée et soutien financier au secteur public de la recherche. Nos résultats théoriques nous permettent ainsi de proposer plusieurs recommandations de politique publique. Premièrement, nous mettons en avant le rejet de tout effet d’éviction de l’intervention publique sur les activités privées de recherche. Nous montrons également qu’une politique de financement d’un secteur public de la recherche peut représenter unealternative efficace à la politique visant à soutenir la R&D privée, sous condition que la recherche publique génère d’importants effets de débordement. Enfin, la répartition optimale du budget public destiné au soutien à l’innovation s’avère êtreplus généreuse envers le secteur public à mesure que les entreprises privées se situent à proximité de l’acteur public de la recherche. A l’inverse, le soutien public à l’innovation doit se faire davantage en faveur des entreprises privées à mesure que ces dernières sont soumises à une concurrence forte et à des difficultés d’appropriation de leur recherche.