Les estuaires sont des écosystèmes importants pour l’environnement et l’économie et sont le lieu de nombreuse transformation de la matière organique (MO). La dynamique de la MO dans les estuaires est complexe, et est rarement étudiée à l’échelle moléculaire. L’objectif principal de cette étude est de contraindre la dynamique de la MO dans l’estuaire de Seine. Pour cela, cinq campagnes ont été réalisées dans l’ensemble de l’estuaire et ont permis l’analyse de la MO dans l’ensemble de ses compartiments (dissous – MOD, particulaire – MOP et sédimentaire). La MO a été caractérisée au niveau global (composition élémentaire et isotopique), au niveau structural (résonance magnétique nucléaire du carbone) et au niveau moléculaire (lipides et thermochimiolyse). L’ensemble des techniques ont pu montrer que chaque compartiment avait des propriétés chimiques très différentes : la MOD est enrichie en MO aquatique dégradée, alors que la MOP et la MO sédimentaire sont plus terrigènes. Le bouchon vaseux semble avoir un impact majeur sur la qualité de la MO, notamment grâce à des bactéries dégradant fortement la MO terrigène dans la MOP et augmentant la proportion de MO aquatique. De plus, les sédiments de l’estuaire de Seine n’enregistrent pas la composition totale de la MOP, mais sont enrichis en MO terrigène, moins labile. Enfin, lors de l’enfouissement de la MO sédimentaire, cette dernière s’enrichit en MO terrigène.