Les monts sous-marins sont des relevés topographiques omniprésents au sein de tous les bassins océaniques. Ils s’élèvent dans la colonne d’eau à partir des profondeurs abyssales. Selon leur taille, leur forme et la profondeur de leur sommet, les monts sous-marins auraient un impact sur les processus physiques susceptibles de favoriser l'agrégation du zooplancton, du micronecton et des prédateurs supérieurs au-dessus ou à proximité immédiate de leur sommet. Le micronecton forme un lien trophique clé entre le zooplancton et les prédateurs marins supérieurs et se compose de quatre grands groupes: plancton gélatineux, crustacés, céphalopodes et poissons mésopélagiques. La distribution verticale et horizontale, les assemblages et les relations trophiques du micronecton ont été étudiés sur deux monts sous-marins peu profonds du sud-ouest de l'océan Indien. Le mont sous-marin La Pérouse est un relevé topographique abrupt qui s'élève à partir d'un fond marin profond situé à 5000 m et dont la profondeur du sommet est d'environ 60 m sous la surface de la mer. Ce mont est situé au nord-ouest de la province oligotrophe "ISSG". Le mont sous-marin MAD-Ridge ("ainsi appelé dans cette étude"), est situé dans un "corridor de tourbillons" au sud de Madagascar dans la province "EAFR". Le Chapitre 4 examine l'influence des tourbillons méso-échelle, du plateau continental de Madagascar et des monts sous-marins peu profonds sur la distribution du micronecton en utilisant une approche acoustique. Il est démontré que les tourbillons méso-échelle et le plateau continental Malgache peuvent présenter des densités acoustiques de micronecton supérieures à celles du mont sous-marin MAD-Ridge. Les densités acoustiques du micronecton sont également plus élevées à MAD-Ridge qu’à La Pérouse, conformément aux différences de productivité existant entre les deux sites. Le Chapitre 5 est consacré aux assemblages de micronecton et aux schémas de migrations nycthémérales des communautés de micronecton. Il est démontré que la couche de diffusion peu profonde (0-200 m) est constituée d'espèces micronectoniques océaniques alors que les sommets et les flancs de La Pérouse et de MAD-Ridge présentent des espèces résidentes ou associées à ces monts sous-marins de jour comme de nuit. Les différentes stratégies de migration du micronecton sont également discutées. Le Chapitre 6 porte sur les interactions trophiques des communautés mésopélagiques de La Pérouse et de MAD-Ridge. Malgré les différences de productivité entre La Pérouse et MAD-Ridge, les organismes gélatineux, les crustacés, les céphalopodes de petite taille et les poissons mésopélagiques montrent des niveaux trophiques allant 2 à 4 aux deux monts sous-marins. Cette thèse met l’accent sur les importantes lacunes dans les connaissances et elle souligne également l'importance des études sur les écosystèmes des monts sous-marins du sud-ouest de l'océan Indien afin de promouvoir des mesures de gestion et de conservation pour une utilisation durable de ces environnements si particuliers.