La sous-espèce d’abeille domestique présente dans les îles du Sud-ouest de l’océan Indien (SOOI) est Apis mellifera unicolor. Les populations insulaires du SOOI sont génétiquement structurées, avec des hybridations observées avec des lignées Européennes en proportions variables selon les îles. Afin de mieux comprendre les processus micro-évolutifs mis en œuvre entre les divergences de 10 populations insulaires du SOOI, nous avons étudié la variabilité et la distribution d’un trait en regard de la diversité génétique des individus. Ainsi, le patron de nervation alaire a été caractérisé en utilisant la morphométrie géométrique (méthode Procrustes) sur plus de 1400 ouvrières. Des approches multivariées ont permis de relier les données morphologiques (taille et conformation des ailes) aux données génétiques (14 marqueurs microsatellites). Premièrement, nous avons étudié un processus d’hybridation en cours à l’île Maurice et mis en évidence la concordance entre les variations morphogénétiques et génétiques, puis montré que le processus d’hybridation a contribué à accroître la variabilité phénotypique de la population. Les introductions humaines et l’apiculture ont donc fortement influencé la trajectoire évolutive de cette population. Dans un second temps nous avons élargi notre étude à la caractérisation des abeilles de toute la zone SOOI. Les résultats montrent non seulement que ces populations sont autant structurées morphologiquement que génétiquement, mais aussi que la variabilité de la conformation des ailes reflète l’histoire évolutive de ces populations, en soulignant l’influence de la dérive, des effets fondateurs et de l’hybridation sur ces populations. La forte congruence observée entre la variabilité génétique neutre et morphométrique n’exclue pas d’autres mécanismes, tels que la sélection naturelle et/ou la plasticité phénotypique, qui auraient pu influer sur la trajectoire évolutive de l’abeille du SOOI.