La surveillance épidémiologique repose le plus souvent sur l'analyse d'indicateurs de santé agrégés. Nous étudions les problèmes méthodologiques rencontrés lorsque l'on travaille sur ce type de données dans un contexte de santé publique. Dans un premier temps, nous nous intéressons au calcul de la fraction attribuable lorsque l'exposition est épidémique et le nombre d'événements de santé saisonnier. Pour les modèles statistiques de séries temporelles les plus souvent utilisés, nous présentons une méthode d'estimation de cette fraction et de ses intervalles de confiance. Ce travail nous a permis de montrer que la campagne de sensibilisation "Les antibiotiques, c'est pas automatique !" avait conduit à une diminution de plus de moitié des prescriptions antibiotiques associées aux épidémies de syndromes grippaux dès 2005. Par ailleurs, récemment 17% des prescriptions seraient attribuables aux infections virales des voies respiratoires basses pendant la période hivernale, et près de 38% chez les enfants, dont la moitié attribuables aux bronchiolites. Dans un second temps, nous proposons les processus de Hawkes comme modèles pour les maladies contagieuses et étudions l'impact de l'agrégation des données sur leur estimation. Dans ce contexte, nous développons une méthode d'estimation des paramètres du processus et prouvons que les estimateurs ont de bonnes propriétés asymptotiques. Ces travaux fournissent des outils statistiques pour éviter certains biais dus à l'agrégation de données individuelles pour l'étude de fractions attribuables et de maladies contagieuses.