Circulation et persistance de pathogènes nosocomiaux multirésistants et hautement résistants émergents dans l’environnement hospitalier : complexité des unités de transmission - TEL - Thèses en ligne
Thèse Année : 2020

Spread and persistence of multi-drug resistant and extremely-drug resistant nosocomial pathogens in hospital environment : complexity of units of transmission

Circulation et persistance de pathogènes nosocomiaux multirésistants et hautement résistants émergents dans l’environnement hospitalier : complexité des unités de transmission

Résumé

Healthcare-associated infections (HAI) are a major concern of Public Health because of their involvement in the global threat of antibiotic resistance, predicted to become the first cause of mortality in 2050 with about 10 million deaths a year. The high antibiotic consumption associated with both patients’ promiscuity and vulnerability make hospital an ideal place for cross-transmission of bacteria, especially drug-resistant bacteria, and for outbreak occurrence. Surfaces within hospital environment play an important role in these phenomena, serving as reservoir or relay for bacteria responsible of HAI. Better understand the diffusion of bacteria responsible of HAI onto hospital surfaces appears as a major axe of research.In order to observe the circulation and persistence of gram-negative bacteria (GNB) involved in HAI onto hospital surfaces, and to identify the reasons of diffusion and outbreak successes of certain bacterial species and sub-species, we performed intensive samplings of hospital environment, with a total of 5329 surfaces sampled. Two sources of contamination were considered: the hydric origin with Pseudomonas aeruginosa in leading position, and the human origin with carbapenemase-producing bacteria (CPB).During this work, we collected 567 strains by sampling the hospital environment. For every strain, both clinical, ecological and epidemiological data were gathered. The strains collection isolated in real conditions of hospital activities is the foundation of this thesis and constitutes its originality. It permitted to retrace, as close as possible to real-life conditions, the routes of transmission of bacteria responsible of HAI on hospital surfaces. This allowed us to identify environmental reservoirs of GNB and analyze the circulation of hydric bacteria between water and water point-of-use, surfaces and patients, as well as the circulation of human bacteria between patients and hospital surfaces. These analyses integrated the different levels of complexity of bacteria through the diversity of bacterial population and sub-populations. Considering this complexity as a whole seems to be the key to better understand the involvement of hospital environment in the transmission of bacteria responsible of HAI. Furthermore, we demonstrated that the close environment of patients reflected the bacteria colonizing/infecting patients, while providing further information on its diversity. Thus, the patient within its healthcare environment must be considered as a unique entity of transmission in order to better anticipating the diffusion of bacteria in hospital environment and the occurrence of outbreaks.
Les infections associées au soins (IAS) sont un problème majeur de santé publique, notamment du fait qu’elles participent à la menace mondiale que représente l’antibiorésistance qui devrait en 2050 causer 10 millions de décès par an et se placer comme la première cause de mortalité dans le monde. La forte consommation d’antibiotiques, la promiscuité et la vulnérabilité des patients font de l’hôpital un lieu privilégié pour la transmission de bactéries notamment résistantes aux antibiotiques, et pour les phénomènes épidémiques. Les surfaces de l’environnement hospitalier jouent un rôle important dans ces phénomènes, en servant de réservoir et de relais aux agents responsables d’IAS. Mieux connaitre la diffusion des bactéries responsables d’IAS sur les surfaces de soins apparait alors comme un axe majeur de recherche. Dans ce travail, afin d’observer la circulation et la persistance, sur les surfaces hospitalières, des bacilles à gram négatifs (BGN) responsables d’IAS, et d’identifier les raisons de la diffusion et du succès épidémique de certaines espèces bactériennes et sous-populations bactériennes responsables d’IAS, des prélèvements intensifs de surfaces, au total 5329, ont été réalisés. Deux sources de contamination des surfaces de l’environnement hospitalier ont été considérées : l’origine hydrique avec P. aeruginosa comme chef de file, et l’origine humaine avec les bactéries productrices de carbapénèmases (BPC).Ce travail nous a permis de collectionner 567 souches environnementales issues d’un échantillonnage de terrain. Pour chaque souche, des données clinico-éco-épidémiologiques ont été recueillies. Cette collection de souches isolées en conditions réelles est le socle de cette thèse et constitue toute son originalité. Elle nous a permis de tracer, au plus près des conditions réelles, les routes de transmission des bactéries responsables d’IAS sur les surfaces de soins. Ainsi nous avons pu identifier des réservoirs environnementaux de BGN et analyser la circulation entre l’eau du point d’eau, les surfaces de soins et les patients pour les bactéries d’origine hydrique, et entre les surfaces de soins et les patients pour les bactéries d’origine humaine. Lors de l’analyse de ces circulations sur les surfaces de soins, les différents niveaux de complexité de la diversité des populations et sous-populations bactériennes ont pu être intégrés. Considérer cette complexité dans sa globalité semble être la clef pour mieux comprendre le rôle de l’environnement de soins dans la transmission de bactéries responsables d’IAS et les phénomènes épidémiques. De plus ce travail, a démontré que l’environnement proche des patients était le reflet des bactéries colonisant/infectant les patients tout en apportant des informations supplémentaires sur sa diversité. Ainsi le patient au sein de son environnement de soins devrait être considéré comme une seule unité de transmission afin de mieux anticiper la diffusion des bactéries dans l’environnement de soins et les phénomènes épidémiques.
Fichier principal
Vignette du fichier
2020_BARANOVSKY_archivage.pdf (5.32 Mo) Télécharger le fichier
Origine Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03118483 , version 1 (22-01-2021)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03118483 , version 1

Citer

Sophie Baranovsky. Circulation et persistance de pathogènes nosocomiaux multirésistants et hautement résistants émergents dans l’environnement hospitalier : complexité des unités de transmission. Maladies infectieuses. Université Montpellier, 2020. Français. ⟨NNT : 2020MONTG002⟩. ⟨tel-03118483⟩
488 Consultations
774 Téléchargements

Partager

More