L’observation d’organismes vivants par microscopie est d’un intérêt scientifique indéniable. Le poisson zèbre est un modèle de choix pour tirer le meilleur de ces observations, sa transparence pouvant être améliorée par des méthodes de clarification de tissus. L’objectif de ma thèse a été de développer un ensemble de méthodes permettant la mise au point une plateforme d’analyse à haut débit. Toutes les étapes ont été considérées : préparation et montage des échantillons, optimisation des acquisitions, développement de méthodes d’analyse des images 3D. Cette plateforme permet d’observer une centaine d’échantillons alignés par recalage de l’axe interoculaire. La segmentation de l’alevin et d’une partie de son cerveau permet l’analyse volumétrique des différentes structures. La capacité de cette méthode a été testée avec deux projets à portée biomédicale : l’étude de mutants possédant des défauts neurodéveloppementaux et l’effet tératogène de traitements anticancéreux. Nous avons montré que la plateforme permet l’obtention de résultats précis par la volumétrie. Cette plateforme et les résultats associés ont fait l’objet d’une publication. Au cours de ma thèse, je me suis aperçu des limites des méthodes de clarification. J’ai donc développé un algorithme de correction du contraste publié dans un second article. Je suis convaincu que mon travail de thèse va offrir à la communauté poisson zèbre comme à d’autre communauté un nouvel outil permettant d’analyser de nombreux processus biologiques à grande échelle et avec une très forte résolution. Des applications supplémentaires sont discutées dans la partie perspectives de ma thèse