Les oligonucléotides antisens (ASO) ont la capacité d’inhiber ou de moduler l’expression d’un gène cible par différents mécanismes. La bioconjugation de l’ASO avec un lipide est une approche très prometteuse qui a montré une amélioration de la délivrance de la séquence antisens et par conséquent, de l’efficacité thérapeutique de l’oligonucléotide. Ces nouveaux agents thérapeutiques, les oligonucléotides lipidiques (LON), sont des molécules amphiphiles capables de s’auto-assembler sous forme d’objets supramoléculaires. Leur développement pharmaceutique requiert des méthodes analytiques adaptées pour évaluer la pureté des LON synthétisés et pouvoir les quantifier dans les formulations mais aussi pour caractériser les assemblages supramoléculaires formés.Dans ce travail, différentes méthodes ont été évaluées en chromatographie liquide (HPLC) à polarité de phase inversée par appariement d’ions et à interactions hydrophiles, en électrophorèse capillaire (CE) et en chromatographie d’exclusion stérique (SEC) pour l’analyse de LON de structures chimiques variées. Malgré les nombreux paramètres étudiés, l’asymétrie des pics obtenus en HPLC, limite son utilisation à des fins de dosage. En revanche, une méthode quantitative a été développée et validée en CE en présence de cyclodextrines (CD). La constante de complexation entre le LON libre et les CD ainsi que la mobilité électrophorétique du complexe ont été déterminées. Enfin, le potentiel de la SEC et de la CE pour la caractérisation des objets supramoléculaires de LON a été évalué.