Cette thèse a pour but d’évaluer la structuration des populations d’Anopheles darlingi en Guyane. Une étude de génétique des populations sur An. darlingi se justifie parce que c’est un vecteur important du paludisme en Amérique du Sud et particulièrement en Guyane. Nous avons besoin de mieux connaitre le vecteur afin d’espérer agir sur la transmission des plasmodies dans le cadre de la lutte antivectorielle.Un premier axe repose sur une étude méthodologique permettant de déterminer si la méthode de capture (capture sur homme ou MosquitoMagnet® utilisant l’octénol ou le Lurex™ comme attractant) ou l'heure de capture influence la structure des populations d’An. darlingi. Cela a permis de préciser si la capture pouvait entrainer un biais d’échantillonnage. En effet, si on capture des populations différentes d’An. darlingi lors de l’utilisation de pièges différents ou lorsqu’on capture à des horaires différents, il devient impossible de faire des études de structure génétique excepté avec des moustiques capturés avec le même type de piégeage et à la même heure. De même, il devient impossible de comparer plusieurs études entre elles si elles n’ont pas utilisé le même mode de capture ou le même créneau horaire. Un second axe est dédié à l’étude, chez An. darlingi, de la diversité génétique des populations à l’échelle de la Guyane. L’échantillonnage a été effectué sur 14 sites en Guyane et un site au Suriname réparti selon deux différents faciès écologiques : le littoral et la forêt. Le génotypage a été obtenu pour un total de 1881 individus à l’aide 8 marqueurs microsatellites. Cette étude permet d’évaluer la structure des populations d’anophèles en Guyane. L’intérêt est de mieux connaitre les populations de vecteurs du paludisme sur le territoire et donc de mieux les contrôler dans le cadre de la lutte antivectorielle.L’étude méthodologique préliminaire a montré que les 3 types de collecte étudiés attirent et capturent les mêmes populations d’An. darlingi. Différentes méthodes de collectes peuvent donc être utilisées pour réaliser l’échantillonnage d’anophèles dans le cadre d’études moléculaires comme des études de structure génétique des populations. De même, l’heure de capture n’a pas été associée à des variations des populations anophéliennes.A l’échelle de la Guyane, nous avons mis en évidence cinq sous populations de moustiques appartenant à l’espèce An. darlingi. Les deux premiers « clusters » regroupent tous les sites du littoral : Kourou, Matoury, Cacao, Régina, Blondin, Saint-Georges et Saut-Maripa. Les trois autres clusters forment une entité. Ils regroupent les populations de la forêt : Sikini, Camopi, Alikéné, Dagobert, Dorlin, Midenangalanti et Bois Martin. Une structuration des populations d’An. darlingi à l’échelle de la Guyane a donc été mise en évidence selon les deux faciès écologiques. Les sites du littoral sont probablement soumis à une diffusion passive de moustiques liée aux déplacements humains par l’unique route nationale qui traverse la Guyane d’ouest en est le long du littoral. Les populations forestières d’An. darlingi semblent s’être structurées par diffusion passive selon les déplacements des orpailleurs entre les sites d’orpaillage illégaux.Les études de structure des populations d’An. darlingi menées dans cette thèse ont permis de combler le manque de connaissances existantes sur le sujet en Guyane. Ces études répondent à un besoin de compréhension de la dynamique des populations d’An. darlingi. Cette structuration doit être prise en compte lors de la conception des programmes de surveillance et de lutte antivectorielle.