La graine est le point de départ de l'assemblage des communautés associées au microbiote des plantes et va promouvoir le bon développement et la santé des plantes. L'étude de la structure du microbiote pendant le développement des graines de haricot et de radis a révélé que la Sélection était le principal processus écologique impliqué dans l'assemblage des communautés. Les facteurs de l'hôte et de l'environnement conduisent à la sélection d'un taxon dominant dont l'identité peut varier d'une graine à l'autre au sein de la même plante, mais aussi au cours du développement de la graine. La transmission de ces taxons dominants aux plantules n’est cependant pas systématique. L'analyse des déterminants génétiques bactériens impliqués dans la transmission aux plantules de l’agent phytopathogène Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) a révélé que la biosynthèse des purines était importante pour coloniser cet habitat. Enfin, la transmission de Xcc par les graines peut être limitée par une souche de Pseudomonas isolée de graines, grâce à sa capacité à produire une pyoverdine atypique lors de l'interaction avec cet agent phytopathogène. En conclusion, ces résultats constituent un premier pas vers l'utilisation de la graine comme vecteur d'organismes bénéfiques pour la croissance et la santé des plantes.