Epidemiology of Gram-negative bacilli in the community, the environment and food products
Epidémiologie des bacilles à Gram négatif dans la communauté, l’environnement et la nourriture
Résumé
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa are Gram-negative bacilli frequently involved in nosocomial infections. Their dissemination in health care systems has been well characterized but the intestinal carriage and transmission dynamics of these pathogens in the community are poorly understood. The One Health concept supports the idea that bacterial populations found in humans, animals and the environment are interconnected. Extended-spectrum β-lactamase (ESBL) producing Enterobacteriaceae (ESBL-PE), responsible for infections associated with high morbidity and mortality, are of particular interest because they widely contaminate food, which could thus be a source of EBLSE acquisition for consumers. We used a whole genome sequencing (WGS) approach on a large collection of isolates from residents of long-term care facilities, food and wastewater from five European cities. A first study showed that, in general, ESBL-PE populations from food and sewage are different and have different antibiotic resistance genes. This suggests that food is not a major source of ESBL-PE for humans. A second study found that residents of long-term care facilities were very frequent (51.6%) digestive carriers of P. aeruginosa. This carriage was associated with age and obesity and concerned a genetically very diverse population of P. aeruginosa. Overall, our data show that a complete understanding of the diffusion of Gram-negative bacilli and antibiotic resistance genes requires the examination of complete bacterial genomes.
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa sont des bacilles à Gram négatif fréquemment responsables d’infections nosocomiales. Leur diffusion dans les systèmes de soins a été bien caractérisée mais le portage intestinal et les dynamiques de transmission de ces pathogènes dans la communauté sont mal connus. Le concept One Health supporte l’idée que les populations bactériennes trouvées chez les humains, les animaux et dans l’environnement sont interconnectées. Les entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu (EBLSE), responsables d’infections associées à une forte morbi-mortalité, présentent un intérêt particulier car elles contaminent largement la nourriture, qui pourrait être ainsi une source d’EBLSE pour les consommateurs. Nous avons utilisé une approche de whole genome sequencing (WGS) sur une large collection d’isolats provenant de résidents d’établissements de long séjour, d’aliments et d’eaux usées de cinq villes européennes. Une première étude a montré qu’en général les populations d’EBLSE issues d’aliments et d’eaux usées sont dissociées et possèdent des gènes de résistance aux antibiotiques différents. Ceci suggère que l’alimentation n’est pas une source majeure d’EBLSE pour l’homme. Une seconde étude a relevé que les résidents de centres de long séjour étaient très fréquemment (51,6%) porteurs digestifs de P. aeruginosa. Ce portage était associé à l’âge et à l’obésité et concernait une population de P. aeruginosa génétiquement très diverse. Globalement, nos données montrent que la compréhension complète de la diffusion des bacilles à Gram négatif et celle des gènes de résistance aux antibiotiques requiert l’examen des génomes bactériens complets.
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