Methodological developments in proteomic analysis : towards high-throughput analysis on reduced quantities of material and new quantification strategies
Développements méthodologiques en analyse protéomique : vers une analyse à haut débit sur des quantités de matériel réduites et de nouvelles stratégies de quantification
Résumé
This thesis focuses on the study of proteins from samples containing less than one microgram. It concentrates on the evaluation of new sample preparation protocols and the automation of one of them, the SP3. Acquisition methods in ddaPASEF and diaPASEF were evaluated using an innovative mass spectrometer with an ion mobility separation dimension. Bioinformatics tools dedicated to quantitative proteomics allowing to process these data with an atypical format were evaluated. Finally, different analytical strategies were developed to study protein-protein interactions, to better understand the mechanisms of cholesterol accumulation and its role in atherosclerosis as well as to study ribosome biogenesis and mRNA regulation. Finally, a last project allowed us to evaluate the impact of nanoparticles of medical interest on human immune cells.
Ce travail de thèse porte sur l’étude des protéines à partir d’échantillons en contenant jusqu’à moins d’un microgramme. Il est axé sur l’évaluation de nouveaux protocoles de préparation d’échantillons et l’automatisation de l’un d’entre eux, la SP3. Des méthodes d’acquisitions en ddaPASEF et diaPASEF ont été évaluées grâce à un spectromètre de masse innovant possédant une dimension de séparation en mobilité ionique. Des outils bio-informatiques dédiés à la protéomique quantitative permettant de traiter ces données au format atypique ont été évaluées. Enfin, différentes stratégies analytiques ont été développées pour étudier les interactions protéine-protéine, afin de mieux appréhender les mécanismes d’accumulation du cholestérol et son rôle dans l’athérosclérose ainsi que d’étudier la biogénèse du ribosome et la régulation des ARNm. Enfin un dernier projet a permis d’évaluer l’impact de nanoparticules d’intérêt médical sur des cellules immunitaires humaines.
| Origine | Version validée par le jury (STAR) |
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