Population genetics of the fan mussel, Pinna nobilis, in Occitanie, to identify conservation priorities in a pandemic context
Etude génétique des populations de grandes nacres, Pinna nobilis, en Occitanie : identification de priorités de conservation dans un contexte de pandémie
Résumé
In marine systems, coastal environments are viewed as discontinuous and made up of a mosaic of diversified seascapes, leading to highly fragmented species distributions. Coastal marine species are thus structured in networks of populations that are connected to each other through larval dispersal. Understanding functioning and connectivity patterns between populations of a given species is essential to adapt conservation strategies. The fan mussel, Pinna nobilis, endemic to the Mediterranean Sea, is facing today a major crisis threatening its survival. Starting in October 2016, mass mortalities caused by the protozoan parasite Haplosporidium pinnae have been reported through the entire Mediterranean Sea. This is an unprecedented situation for which neither the mortality rates (around 100%) nor the speed of propagation have ever been recorded for a marine species, and it could lead to the potential extinction of P. nobilis. By focusing on the Occitan coast, this work provides knowledge on the biology and ecology of the species but also on the processes which allow the replenishment of its populations in order to suggest priorities for conservation. We highlighted the wide diversity of habitats colonized by the species and the importance of lagoons as they shelter 90 % of fan mussels recorded on the Occitan coast, and seem to provide natural refuge as only the lagoon populations remain unaffected by H. pinnae. Using newly developed microsatellite markers, we highlighted a very homogeneous genetic structure over the entire coast, which implies some connectivity and suggests that most of the genetic diversity of the species remains preserved in the lagoons. By focusing on the population of Peyrefite Bay, in the Marine Protected Area of Cerbère-Banyuls, through parentage analysis, we provided knowledge on the demographic dynamics and the repopulation processes of the species. Based on the present work, we defined recommendations that will help to design adapted conservation measures that will be essential for the survival of the species.
Les systèmes marins côtiers sont généralement discontinus et constitués d’une mosaïque de paysages sous-marins différents, créant ainsi des distributions parfois très fragmentées chez les espèces qui les colonisent. Les espèces marines côtières sont donc structurées en réseaux de populations connectées entre elles via la dispersion larvaire. Comprendre le fonctionnement et la connectivité entre les populations d’une espèce est indispensable pour adapter les stratégies de conservation. La grande nacre, Pinna nobilis, est une espèce endémique de la mer Méditerranée qui fait aujourd’hui face à une crise majeure qui menace sa survie. Depuis Octobre 2016, des mortalités de masse sont signalées sur ses populations, à travers toutes la mer Méditerranée, causées par un protozoaire parasite, Haplosporidium pinnae. Il s’agit d’un évènement sans précédent, que ce soit par le taux de mortalité (près de 100 %) ou la vitesse de propagation, et qui pourrait conduire à l’extinction de l’espèce. En se focalisant sur le littoral Occitan, cette thèse apporte des connaissances sur la biologie et l’écologie de l’espèce mais aussi sur son fonctionnement et les processus qui permettent le maintien de ses populations afin de proposer des priorités de conservation. Ainsi, nous avons mis en évidence la diversité d’habitats colonisés par l’espèce ainsi que l’importance des lagunes car elles abritent près de 90 % des grandes nacres, sur le littoral Occitan, et semblent servir d’habitat refuge à l’espèce en limitant l’infestation par le parasite. A l’aide de marqueurs microsatellites nouvellement développés, nous avons montré une structure génétique très homogène sur toute la côte, ce qui implique un certain niveau de connectivité et laisse penser qu’une grande partie de la diversité génétique de l’espèce reste préservée dans les lagunes. En se focalisant sur la population de la baie de Peyrefite, dans la Réserve Naturelle Marine de Cerbère-Banyuls, et grâce à une analyse de parenté, nous avons apporté des connaissances sur la dynamique démographique et les processus de repeuplement de l’espèce. L’ensemble de cette thèse permet de définir des recommandations qui seront utiles à la mise en place de mesures de conservation adaptées, indispensables pour la survie de l’espèce.
| Origine | Version validée par le jury (STAR) |
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