Le paludisme est une maladie parasitaire causée par diverses espèces de Plasmodium ; P. falciparum étant l'espèce la plus répandue et responsable des cas mortels de la maladie. Les enfants âgés de moins de cinq ans et les femmes enceintes représentent les couches les plus vulnérables de la population en raison de l'acquisition progressive de l'immunité protectrice chez les enfants et de la susceptibilité accrue des femmes enceintes primigestes aux infections palustres. En l'absence d'un vaccin homologué par l'OMS pour lutter contre la maladie, une stratégie de lutte définie en trois axes a été mise en oeuvre pour aider à l'élimination du paludisme. Il s'agit de la lutte anti-vectorielle, le diagnostic et le traitement (l'utilisation des TDRs et combinaisons thérapeutiques à base d'artémisinine (CTAs)) et enfin, les traitements préventifs intermittents (TPI) pour les populations à risque. La mise en place globale de ces stratégies a contribué à la diminution importante de la mortalité liée au paludisme. Cependant, ces efforts se heurtent à l'émergence et à la propagation de la résistance à la SP (recommandée dans le TPI) ainsi qu'à celle de l'artémisinine et ses composés partenaires (recommandé en première intention dans le traitement du paludisme). La résistance aux antipaludiques a été d'abord observée au Cambodge, puis s'est étendue à une grande partie de l'Asie du Sud-Est pour enfin apparaître de façon spontanée en Afrique l'Est. Si cette perte de l'efficacité des CTAs venait à se répandre dans toute l'Afrique, les conséquences seraient dramatiques en termes de santé publique. C'est pourquoi des outils de surveillance permettant la détection précoce de la résistance à l'artémisinine doivent être mises en place pour mieux orienter les mesures d'interventions. Cette thèse vise à utiliser les technologies de séquençage, pour évaluer la pression de sélection exercée par deux traitements recommandés par l'OMS en zone d'endémie palustre (le TPI et les CTAs). La première partie de ce travail est subdivisée en deux sous parties. Dans un premier temps, il s'est agi de confirmer les effets bénéfiques sur les nouveau-nés de la prise d'un nombre supérieur ou égal à 3 doses de traitement préventif intermittent avec la sulfadoxine pyriméthamine (TPI-SP) par les femmes enceintes. Ensuite, de montrer grâce à la technologie de séquençage Sanger que cette prise de TPI-SP exerçait une sélection sur des parasites porteurs de mutations associées à la résistance à cette combinaison thérapeutique. L'essentiel des travaux de cette partie a été menée au Ghana, pays endémique au paludisme et qui très tôt a adopté la nouvelle politique d'utilisation du TPI-SP qui consiste en une prise mensuelle de la SP après le troisième mois de grossesse. La deuxième partie de ce manuscrit de thèse nous a permis dans un premier temps de comparer le génome entier des parasites collectés avant et après traitement aux dérivés d'artémisinine ; et dans un second temps de montrer grâce à la méthode du targeted amplicon deep sequencing la possibilité d'une sélection des parasites porteurs de mutations associées à la résistance aux dérivés d'artémisinine quelques heures après un traitement aux CTAs. Pour aider à l'atteinte des objectifs visés, une méthode de filtration visant à améliorer la qualité des résultats de séquençage d'ADN grâce à la technologie illumina a été mise en place. Les travaux issus de cette deuxième partie ont été menés grâce aux échantillons collectés au Bénin chez des enfants souffrant de paludisme simple et de paludisme grave. L'ensemble des travaux présentés dans ce manuscrit s'inscrit dans une stratégie de surveillance de la résistance aux antipaludiques pouvant permettre de mieux adapter les traitements antipaludiques afin de limiter la sélection de parasites résistants.