Les maladies fongiques causent d'importants dégâts dans les cultures et menacent la sécurité alimentaire mondiale. Les fongicides chimiques sont couramment utilisés, mais ils sont nocifs pour l'environnement, la santé humaine et peuvent entraîner des résistances des pathogènes. Il est donc nécessaire de développer des méthodes de contrôle plus durables. Pour aborder cette question, nous avons développé des modèles mathématiques représentant l'interaction plante-champignon, afin de proposer des méthodes alternatives. Nous avons obtenu des résultats qualitatifs génériques, qui ont été appliqués à la rouille orangée du caféier causée par Hemileia vastatrix, une importante maladie du café. Cette culture de rente faisant vivre de nombreux petits producteurs et leurs familles, le contrôle de cette maladie est un enjeu socio-économique majeur.Tout d'abord, nous avons développé un modèle représentant l'interaction plante-champignon en utilisant des équations différentielles ordinaires. Comme dans les modèles épidémiologiques classiques, la population hôte a été subdivisée par état de santé, l'individu étant la feuille de la plante. L'infection étant transmise par les spores libérées par le champignon, leur dynamique a également été incluse. De plus, les feuilles jeunes et matures ont été différenciées, pour tenir compte de variations d'agressivité du champignon selon l'âge de l'hôte. Nous avons calculé le taux de reproduction de base R0, qui détermine classiquement la stabilité de l'équilibre sans maladie. Ce modèle a exhibé des propriétés asymptotiques complexes, différentes des modèles classiques: R0< 1 ne suffisait pas à obtenir la stabilité de l'équilibre sans maladie, un équilibre endémique stable pouvant exister; R0>1 ne garantissait pas l'existence et la stabilité d'un équilibre endémique, car de fortes valeurs de R0 pouvaient conduire à la destruction de la plantation.Puis, les spores de champignons tels que H. vastatrix étant dispersées par le vent, nous avons considéré un modèle spatio-temporel décrivant la propagation de la maladie dans une plantation pendant la saison des pluies et la saison sèche, à base d'équations aux dérivées partielles. Nous avons calculé deux seuils, les taux de reproduction de base en saison des pluies et saison sèche, qui caractérisent la stabilité des équilibres des sous-systèmes saisonniers. Pour illustrer ces résultats théoriques, des simulations numériques ont été réalisées, en utilisant une méthode non-standard de différences finies pour intégrer le modèle. Nous avons également étudié numériquement l'impact d'un agent de biocontrôle qui réduit la reproduction du champignon. Nous avons déterminé son seuil d'efficacité afin d'assurer l'éradication de la maladie.Enfin, nous avons développé un modèle multi-saison, avec des dynamiques continues pour l'hôte et le champignon en saisons des pluies et des événements discrets pour les dynamiques plus simples des saisons sèches. En outre, nous avons implémenté une stratégie de biocontrôle fondée sur des hyperparasites se nourrissant de spores, dont la dynamique a été explicitement représentée. Les hyperparasites étaient lâchés une ou plusieurs fois pendant les saisons des pluies. Des études analytiques et semi-numériques ont été réalisées afin de déterminer la quantité et la fréquence des lâchers nécessaires pour contrôler efficacement la maladie. Nous avons montré que la meilleure stratégie dépendait de la mortalité des hyperparasites : les parasites à faible mortalité ne devaient être introduits qu'une fois par an, tandis que les parasites avec une mortalité élevée devaient l'être plus fréquemment afin d'assurer leur persistance dans la plantation.Grâce à la modélisation mathématique, ce travail fournit des bases qualitatives et quantitatives pour la compréhension des interactions plante-champignon, ainsi que pour la mise en place d'alternatives aux fongicides chimiques afin de lutter contre les maladies fongiques de cultures pérennes.