Characterization in functional modules of ADAMTS-TSL proteins, by phylogeny approaches
Caractérisation en modules fonctionnels des protéines ADAMTS-TSL par approches de phylogénies
Résumé
The human ADAMTS-TSL multidomain proteins are involved in numerous pathologies. Encoded by 26 paralogous genes, their domain combination is not sufficient to characterize their functional differences. We propose in this thesis a new approach to identify functional regions of the sequences. For this purpose, we use sequences from 9 eukaryotic species to identify conserved sequence modules specific to certain subgroups of homologous sequences. The evolutionary analysis of the identified modules is obtained by performing a joint phylogenetic reconstruction of genes, species and modules. Furthermore, to validate the functional interest of the identified modules, we associate phenotypes (PPI) to this evolutionary history. This has led to the identification of concomitant acquisitions of "modules/phenotypes", predicting the functionality of these modules. Applying this approach to human ADAMTS-TSL proteins has allowed us to identify new, finer, non-contiguous functional regions that can describe their specificities.
Les protéines multidomaines ADAMTS-TSL humaines sont impliquées dans de nombreuses pathologies. Codées par 26 gènes paralogues, leur combinatoire en domaines ne suffit pas à caractériser leurs différences fonctionnelles. Nous proposons dans cette thèse une nouvelle approche d'identification des régions fonctionnelles des séquences. Pour cela nous utilisons des séquences de 9 espèces eucaryotes afin d'identifier des modules de séquences conservées propres à certains sous-groupes de séquences homologues. L'analyse évolutive des modules identifiés est obtenue en effectuant une reconstruction phylogénétique conjointe des gènes, des espèces et des modules. Par ailleurs, pour valider l'intérêt fonctionnel des modules identifiés, nous associons des phénotypes (PPI) à cette histoire évolutive. Ce qui a abouti à identifier des acquisitions concomitantes de « modules/phénotypes », prédisant la fonctionnalité de ces modules. Appliquer cette approche aux protéines ADAMTS-TSL humaines nous a permis d'identifier de nouvelles régions fonctionnelles, plus fines, non contiguës et à même d'en décrire les spécificités.
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