Le polyomavirus BK (BKPyV) est un virus à forte prévalence dont l'infection initiale entraîne une propagation à différents tissus, puis une persistance, généralement de manière asymptomatique. En cas d'immunosuppression, comme lors du traitement après une greffe de rein, une réactivation virale pouvant évoluer vers une néphropathie voire une perte du greffon peut être observée. Il n'existe aucun traitement préventif ou curatif efficace à ce jour, nécessitant une recherche intense sur des nouveaux marqueurs diagnostic et pronostic de l'infection, et également sur des candidats médicaments. Comme d'autres virus, le BKPyV est capable de générer des micro-ARNs (miARNs), les bkv-miR-B1-5p et bkv-miR-B1-3p, dont la régulation de l'expression est très particulière. Différentes études ont montré le rôle de ces miARNs pour l'autocontrôle négatif de la réplication virale, mais aussi dans l'échappement immunitaire, alimentant la controverse autour de leur fonctionnalité réelle. A ce jour, beaucoup de zones d'ombre persistent quant à la structure, la fonction et le mécanisme de libération des miARNs du BKPyV. De plus, le polyomavirus JC (JCPyV, autre membre de la famille des Polyomaviridae) possède aussi deux miARNs : jcv-miR-J1-5p et jcv-miR-J1-3p, ce dernier étant commun avec le BKPyV. Le JCPyV et le BKPyV présentent un tropisme similaire au niveau des cellules rénales et urothéliales. Des données rapportent la réplication du BKPyV et du JCPyV chez les transplantés de rein, mais rarement des deux virus à la fois, suggérant une possible compétition entre ces virus qui ferait intervenir la fonction inhibitrice des miARNs viraux. Le but de cette thèse était donc de détecter et déterminer la cinétique d'excrétion des miARNs des Polyomaviridae dans les liquides biologiques en cas d'infection, élucider leur mécanisme de libération et leur stabilité dans le milieu extracellulaire, et étudier leur influence sur la réplication virale du BKPyV. L'ensemble de ces éléments permettrait de cerner le potentiel des miARNs des Polyomaviridae en tant que marqueur diagnostic ou pronostic, mais aussi en tant qu'antiviral, dans l'infection à BKPyV. L'étude des propriétés du bkv-miR-B1-5p, spécifique du BKPyV, dans le milieu extracellulaire a démontré son importante stabilité, probablement en lien avec son association forte avec la protéine Ago2 et une relativement faible présence dans les vésicules extracellulaires. Une analyse longitudinale à partir de nombreuses urines de patients transplantés de rein a permis de montrer l'intérêt des miARNs du BKPyV pour le suivi de l'infection, comparativement à d'autres marqueurs (ADN et ARNm) du virus. En revanche, leur place en tant que marqueur diagnostic reste limitée. Une modélisation in vitro de l'infection chronique de cellule rénales proximales tubulaires à partir de souches de BKPyV issues de patients infectés a confirmé que les quantités de bkv-miR-B1-5p extracellulaire étaient corrélées à la réplication et l'infectivité des virions. Enfin, après avoir confirmé les résultats de la littérature sur le rôle autorégulateur de réplication des miARNs du BKPyV, nous avons prouvé de manière inédite que le jcv-miR-J1-5p, spécifique du JCPyV, avait également la propriété d'inhiber la réplication du BKPyV in vitro. Ainsi, nous disposons de nouveau éléments permettant de considérer les miARNs des Polyomaviridae parmi les marqueurs disponibles dans le diagnostic in vitro, mais aussi comme potentiels antiviraux