La démocratisation des technologies de séquençage lors des vingt dernières années a entraîné une explosion du nombre de génomes séquencés. La diversité des génomes de référence ainsi disponible a mis en évidence les biais induits par l’utilisation d’une unique référence, qui n’est pas suffisante pour donner accès à la diversité au sein d’une espèce. Chez les plantes, de nombreux exemples de variations intraspécifiques ont été recensés, notamment de la variation en présence / absence ou en nombre de copies de gènes. Ces variations peuvent exercer une forte influence sur le phénotype des plantes, par exemple chez le riz où la présence d’un gène Sub1A est associée à une tolérance à l’inondation. Pour une meilleure intégration de ces variations en génomique, le concept de pangénome s’est progressivement développé. Un pangénome peut être construit aussi bien pour recenser des gènes que pour tous types de fragments génomiques présents au sein d’un groupe, et est utile pour comparer la répartition de ces éléments entre plusieurs individus. Plusieurs catégories d’éléments existent selon le taux de présence ; les deux principales recensent les éléments présents chez tous les individus (les éléments ‘core’) et ceux présents seulement chez certains (les éléments ‘variable’). La pangénomique souffre encore d’un manque d’outils, notamment pour sa visualisation. Ce manque est particulièrement vrai pour les eucaryotes (dont les plantes), aux génomes plus gros et complexes que les bactéries, premier domaine d’application des pangénomes et dont les outils existants ne supportent pas facilement le passage à l’échelle vers des génomes plus volumineux. Mes travaux de thèse ont donc porté sur la création de nouvelles représentations visuelles ainsi que la création d’outils de visualisation utilisables pour la visualisation de pangénomes de plantes, et d’eucaryotes en général.Dans ce manuscrit de thèse, je présente l’état de l’art de la pangénomique : j’y fais la distinction entre la notion de pan-gene atlas et de pangénome, le second étant souvent représenté sous la forme d’un graphe où chaque séquence forme un nœud et chaque succession observée de séquence forme des liens entre ces nœuds ; j’identifie également des outils de visualisation non spécifiques, qualitatifs, positionnés, structuraux, et enfin composites. Le premier chapitre recueille dix conseils pour créer un outil de visualisation de données génomiques, à l’attention de futurs chercheu·r·se·s en biologie ou bio-informatique qui s’intéresseraient à la data visualisation. Le second chapitre, décrit mon premier outil de visualisation de pangénome, publié dans le journal Bioinformatics sous le titre « Panache : a Web Browser-Based Viewer for Linearized Pangenomes ». J’y détaille la représentation visuelle utilisée dans Panache, jusqu’à la création d’une application web développée en JavaScript permettant l’exploration dynamique de données pangénomiques. Le troisième et dernier chapitre détaille le travail de conception d’un outil composite de visualisation de pangénomes, appelé SaVanache, permettant la navigation entre plusieurs niveaux d’échelle pangénomique. Quatre vues ont été identifiées : une vue de la diversité globale ; une vue des variations structurales ; une vue dédiée à la variation en présence / absence ; et une dernière vue dédiée au variations nucléotidiques. Je propose une nouvelle approche pour l’annotation et la représentation visuelle de variations structurelles au sein d’un graphe de pangénome, axée autour de la définition d’un chemin pivot servant de système de coordonnées principal.