Le développement des technologies de séquençage a ouvert la voie vers la caractérisation des mécanismes immunopathologiques en atteignant la précision des cellules uniques. L’application de ce type d’analyses transcriptomiques à des échantillons de cellules circulantes provenant de receveur de greffe de rein nous a permis de suivre de manière longitudinale les dynamiques post transplantation des différentes populations immunitaires. Nous avons mis en avant l’émergence d’une signature d’activation précoce préférentiellement exprimée par les cellules immunitaires des patients qui subissent un rejet de greffe par la suite. Cette signature semble indiquer un recrutement favorisé de lymphocytes T et monocytes via l’axe CXCR4- CXCL12 qui participerait à la détérioration des tissus menant au rejet. Dans le second projet, l’application du séquençage en cellule unique a permis d’étudier les programmes moléculaires en jeu au sein des tissus d’iléons de patients atteints de la maladie de Crohn. Par l’adaptation de l’algorithme de Metacell combinée à une analyse de modules de gènes sur notre jeu de données, il a été possible d’identifier avec précision une hétérogénéité de profils au sein des macrophages avec la présence de signatures inflammatoires et pro-fibrotiques enrichies chez les patients ne répondant pas au traitement clinique d’anti-TNFa actuel. Ces résultats proposent de nouvelles pistes de compréhension pour expliquer les différences de réponses de patients et permettent d’envisager de nouveaux traitements plus adaptées pour cibler les programmes moléculaires actives chez les patients non répondeurs.