Développement de nouvelles approches pour l’analyses des interactions cellulaires dans les maladies immunitaires - TEL - Thèses en ligne Access content directly
Theses Year : 2023

Development of new approaches to the analysis of cellular interactions in immune diseases

Développement de nouvelles approches pour l’analyses des interactions cellulaires dans les maladies immunitaires

Abstract

The development of sequencing technologies has paved the way for the characterisation of immuno-pathological mechanisms by achieving single-cell precision. The application of this type of transcriptomic analysis to samples of circulating cells from kidney transplant recipients has enabled us to follow the post-transplantation dynamics of multiple immune populations longitudinally. We highlighted the emergence of an early activation signature preferentially expressed by the immune cells of patients who subsequently undergo graft rejection. This signature seems to indicate a preferential recruitment of T lymphocytes and monocytes via the CXCR4- CXCL12 axis, which is thought to contribute to tissue damage leading to rejection. In the second project, the application of singlecell sequencing allowed us to study the molecular programs at play within the ileum tissues of Crohn's disease patients. By adapting the Metacell algorithm, combined with gene module analysis on our dataset, it was possible to accurately identify heterogeneous profiles within macrophages, with the presence of enriched inflammatory and pro-fibrotic signatures in patients not responding to current clinical anti-TNFa treatment. These results offer new ways of understanding the differences in patient responses and allow us to envisage new treatments that are better adapted to targeting the molecular programs active in non-responder patients.
Le développement des technologies de séquençage a ouvert la voie vers la caractérisation des mécanismes immunopathologiques en atteignant la précision des cellules uniques. L’application de ce type d’analyses transcriptomiques à des échantillons de cellules circulantes provenant de receveur de greffe de rein nous a permis de suivre de manière longitudinale les dynamiques post transplantation des différentes populations immunitaires. Nous avons mis en avant l’émergence d’une signature d’activation précoce préférentiellement exprimée par les cellules immunitaires des patients qui subissent un rejet de greffe par la suite. Cette signature semble indiquer un recrutement favorisé de lymphocytes T et monocytes via l’axe CXCR4- CXCL12 qui participerait à la détérioration des tissus menant au rejet. Dans le second projet, l’application du séquençage en cellule unique a permis d’étudier les programmes moléculaires en jeu au sein des tissus d’iléons de patients atteints de la maladie de Crohn. Par l’adaptation de l’algorithme de Metacell combinée à une analyse de modules de gènes sur notre jeu de données, il a été possible d’identifier avec précision une hétérogénéité de profils au sein des macrophages avec la présence de signatures inflammatoires et pro-fibrotiques enrichies chez les patients ne répondant pas au traitement clinique d’anti-TNFa actuel. Ces résultats proposent de nouvelles pistes de compréhension pour expliquer les différences de réponses de patients et permettent d’envisager de nouveaux traitements plus adaptées pour cibler les programmes moléculaires actives chez les patients non répondeurs.
Fichier principal
Vignette du fichier
LAURENTT.pdf (16.56 Mo) Télécharger le fichier
Origin Version validated by the jury (STAR)

Dates and versions

tel-04208535 , version 1 (15-09-2023)

Identifiers

  • HAL Id : tel-04208535 , version 1

Cite

Thomas Laurent. Développement de nouvelles approches pour l’analyses des interactions cellulaires dans les maladies immunitaires. Médecine humaine et pathologie. Nantes Université, 2023. Français. ⟨NNT : 2023NANU1017⟩. ⟨tel-04208535⟩
77 View
9 Download

Share

Gmail Mastodon Facebook X LinkedIn More