L’avènement de nouveaux modèles 2D et 3D pour le développement humain, notamment les cellules souches trophoblastiques, les gastruloïdes et les blastoïdes, a considérablement élargi les possibilités d’investigation des premiers événements du développement, éclairant progressivement le domaine énigmatique du développement humain. Si ces innovations ouvrent de nouvelles perspectives, il est devenu indispensable d’établir des référentiels bien définis pour les cellules sources de ces modèles. Cette thèse vise à proposer une caractérisation complète des modèles de cellules souches pluripotentes et trophoblastiques en employant une combinaison d'approches transcriptomiques, protéomiques, épigénétiques et métaboliques. Nos résultats révèlent que les cellules souches pluripotentes étendues partagent de nombreuses caractéristiques avec les cellules souches pluripotentes amorcées, à l'exception de l'activité métabolique. Ce trait métabolique distinct peut expliquer leur capacité unique à se différencier directement en cellules souches trophoblastiques. De plus, nos recherches démontrent que l’hypo-méthylation de l’ADN et une activité métabolique élevée définissent les cellules souches trophoblastiques. Ces résultats soulignent la nécessité de considérer plusieurs caractéristiques de la pluripotence, plutôt que de s'appuyer sur un seul critère. La multiplication des caractéristiques atténue les biais de correspondance des stades développementaux.