Le contrôle de la Commission européenne sur les mesures nationales de soutien accordées aux investissements dans les infrastructures et au fonctionnement des ports maritimes de commerce est quasi systématique. Pourtant, le secteur portuaire présente des spécificités liées à sa contribution à la satisfaction de l’intérêt général. Contribuant de façon majeure à la sécurité des approvisionnements des États membres et assurant la sécurité et la sûreté de l’ensemble des installations qui y sont réalisées, les ports maritimes bénéficient en contrepartie de mesures nationales de soutien. Dans ce contexte, cette thèse interroge la capacité du contrôle européen des aides d’État dans le secteur portuaire à prendre en compte la dualité des missions économiques et des missions d’intérêt général que les ports maritimes accomplissent. Au terme d’un recensement exhaustif de l’ensemble des décisions rendues par la Commission et le juge européen dans le secteur portuaire, cette thèse analyse les critères de qualification des aides d’État, le régime de déclaration, celui de leur éventuelle incompatibilité et les conditions dans lesquelles leur compatibilité est reconnue. Partant, la thèse interroge l’influence de ce contrôle sur l'évolution du régime financier et institutionnel des ports maritimes. Cette étude révèle qu’il apparaît en réalité que si le contrôle européen des aides d’État prend en compte la spécificité des ports maritimes de manière marginale (Première Partie), il n’en demeure pas moins que ce contrôle participe à clarifier le régime juridique applicable à l’ensemble des activités portuaires et encadre les modes d’organisation de l’ensemble des ports de l’Union européenne (Seconde Partie).